В соответствии с п. 2 ст. 288 НК РФ уплата авансовых платежей, а также сумм налога, подлежащих зачислению в доходную часть бюджетов субъектов Российской Федерации и бюджетов муниципальных образований, производится налогоплательщиками – российскими организациями по местонахождению организации, а также по местонахождению каждого из ее обособленных подразделений исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения, определяемой как средняя арифметическая величина удельного веса среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества этого обособленного подразделения соответственно в среднесписочной численности работников (расходах на оплату труда) и остаточной стоимости амортизируемого имущества, определенной в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ.
Головная организация может определять, какой из показателей использовать: среднесписочную численность работников или сумму расходов на оплату труда. Единственным требованием является, чтобы выбранный показатель применялся в течение налогового периода. Этот выбор следует отражать головной организации в учетной политике для целей налогообложения.
Если у компании есть несколько филиалов на территории одного субъекта РФ, то она может уплачивать налог на прибыль через одно из обособленных подразделений, не производя распределения прибыли по каждому подразделению. О выборе подразделения, в котором будут уплачиваться налог на прибыль в бюджет данного субъекта РФ, головная организация должна сообщить в налоговые органы, в которых состоят на учете эти обособленные подразделения, до 31 декабря года, предшествующего налоговому периоду.
В соответствии с п. 3 ст. 288 НК РФ исчисление налогов, подлежащих зачислению в бюджеты субъектов РФ и муниципальных образований по обособленным подразделениям, осуществляет налогоплательщик, т. е. головная организация. При исчислении сумм налога и авансовых платежей по нему применяется ставка налога, действующая на территории, где расположено обособленное подразделение. Организация, в состав которой входят обособленные подразделения, по окончании каждого отчетного и налогового периода представляет в налоговые органы по своему местонахождению налоговую декларацию в целом по организации с распределением по обособленным подразделениям (п. 5 ст. 289 НК РФ). Уплата начисленного налога и сумм авансовых платежей, исчисленных по итогам налогового периода, производится в бюджеты всех уровней не позднее срока подачи деклараций за соответствующий отчетный или налоговый период, установленного ст. 289 НК РФ.
