Могущественная дружба Феодоры в столице защищала проповедников от всевозможных случайностей. Так как согласно каноническим правилам рукоположение в епископы считалось действительным только тогда, когда при нем присутствовали еще трое епископов — Иаков по совету патриарха Феодосия, отправился в Александрию. Там он без труда нашел епископов, которые по повелению их бывшего патриарха охотно совершили рукоположение Иакова. С их помощью Барадей в свою очередь посвятил других епископов для главнейших городов Сирии и Азии. В то же время епископы, остававшиеся в Константинополе, рукоположили двенадцать епископов для Египта и Феваиды, а на патриарший престол в Антиохии, свободный со смертью Севера, они посадили одного из друзей Иакова, святого мужа Сергия из Теллы. Таким образом составилась целая тайная духовная организация, взявшая на себя управление делами новой церкви, получившей по имени своего основателя название Якобитской. Ловкий дипломат, Феодора, желая облегчить миссию своих друзей, распорядилась возложить на них некоторые поручения правительства. Так Иоанн, тайно получивший сан монофизитского епископа в Ефесе, послан был Юстинианом в Лидию и Фригию для борьбы с язычеством: он ревностно исполнял свою миссию и заслужил, благодаря своему усердию, название «молота язычества и ниспровергателя идолов». Но еще ревностнее работал он в пользу секты, к которой принадлежал, и покрыл свой приход целой сетью церквей и монастырей с монофизитским клиром.
В результате деятельность Иакова Барадея привела к посвящению двух патриархов из монофизитов, более ста тысяч священников и дьяконов. Вера его творила чудеса: он изгонял демонов, воскрешал мертвых, пророчествовал; слава о его подвигах распространилась по всему миру и далеко перешла за пределы империи. Благодаря его деятельности, большая часть Востока вернулась к вере, известной под именем «веры св. Иакова и Феодосия», и могущественные церкви Персии, Аравии, Абиссинии, Нубии принадлежали к монофизитской общине. Феодора, которая всю жизнь покровительствовала этим отдаленным церквам, которая всю жизнь энергично трудилась, подготовляя торжество монофизитов, могла быть довольной делом своих рук. Безвестный монах, которого видела она однажды во сне, окроплявший святой водою римских граждан, благочестивый отшельник, которого она некогда приняла в Константинополе и в которого уверовала, превзошел ее ожидания.
Когда в 536 году папа Агапит неожиданно скончался в Константинополе, Феодора составила смелый план воспользоваться вакантным папским престолом. В Византии жил с некоторых пор, в качестве папского нунция, некто Вигилий-дьякон. Это был честолюбивый и весьма свободных убеждений человек, способный на всевозможные компромиссы, лишь бы только достигнуть цели. Происходя из важного сенаторского рода, он уже не раз пытался овладеть троном св. Петра и добился, чтобы папа Бонифаций объявил его своим преемником. Но встретив сильное сопротивление со стороны римского духовенства, он должен был отказаться от своих планов и перенес свои надежды на Византию. Отправленный в Константинополь для дипломатических переговоров, он употребил всю свою ловкость, чтобы вкрасться в доверие Феодоры. Когда императрица, взбешенная тем, что должна была уступить настояниям Агапита, решила провести в Рим угодного ей папу, способного жить в мире с монофизитами, Вигилий, хорошо принятый при дворе, готовый на все, лишь бы добиться осуществления своих честолюбивых планов, показался ей как нельзя подходящим к той роли, которую она хотела поручить ему.
