После захвата Порт-Артура связь с эскадрой осложнилась, а посыльные суда, имевшиеся в эскадре, были слабы вооружением и ненадёжны своими машинами. Поэтому в телеграмме от 27 декабря Дубасов настаивал на присылке хотя бы клипера «Всадник» и шести миноносцев. Эскадру, ввиду появления у японцев броненосцев «Фуджи» и «Яшима», следовало без промедления усилить двумя броненосцами, находившимися в тот момент в Средиземном море. «После прибытия лодки „Бобр“, „Всадника“ и шести миноносцев эскадра могла бы смело занять наступательное положение», – писал Дубасов.
Чувствуя, что начальство не слышит его доводов, он в письме от 23 января 1898 года посланнику в Японии барону Р. Р. Розену пытался через дипломатическое ведомство довести мысль о вредоносности «тяжёлых обстоятельств смирения и осторожности» относительно влияния в Корее. Японцев все эти уступки всё равно не умиротворят и к дружбе с Россией не расположат. «Можно подумать, что правительство наше не допускает мысли о войне с Японией, между тем эта страна деятельно и настойчиво готовится к ней». Нужно не отступать в Корее, чтобы «не быть застигнутыми в беспомощном состоянии».
Но власти продолжали держать адмирала в неведении об уже почти окончательном решении превратить Порт-Артур в главную базу флота. Только 14 января поверенный из Пекина сообщил об этом намерении правительства, и адмирал получил приказание со всей эскадрой идти в Порт-Артур. 23 января он вышел из Нагасаки и 26 января прибыл в Порт-Артур. В гавань корабли войти не могли и встали па внешнем рейде. Телеграммой от 2 марта адмирал подробно, как это предписывалось, сообщал об осмотре новоприобретённых портов и с полной откровенностью раскрыл все их стратегические неудобства.
Напоминая об уроках японо-китайской войны, он предостерегал от риска их повторения, так как обширный и удобный Талиенванский залив может стать базой для обеспечения штурма Порт-Артура. Эта опасность заставляет Талиенван укрепить столь же основательно, как и Порт-Артур, т. е. нести на эти цели двойные расходы. В заключении адмирал писал: «Как база для наших морских сил Порт-Артур совершенно не отвечает требованиям, находясь в 560 милях от середины Корейского пролива, узлового пункта сообщения между Сибирью, Китаем, Кореей и Японией, не даёт возможности наблюдать за ними, а тем более командовать над этими сообщениями». Не обеспечивал Порт-Артур (от 600 до 1000 миль расстояния) и защиты отечественной оборонительной линии, идущей вдоль берега Японского моря. Опасно было и 1080-мильное расстояние от Порт-Артура до Владивостока, мало было надежд на ожидавшуюся связь с Россией по железной дороге.
