Сын Генриха IV Людовик XIII подтвердил Нантский эдикт, но его наследник Людовик XIV отменил его в 1685 году, провозгласив лозунг: «Одно государство, одна религия». Протестантские академии закрывались одна за другой. Академия в Ортезе перестала существовать еще в 1620 году, после присоединения Беарна к Франции. В 1659 году в Монтобане начались стычки между студентами — католиками и протестантами, и по приказу Королевского совета академию перенесли в Пюилоран, а в 1685-м закрыли вообще. Дольше всех держалась Академия Оранжа; ее студенты и преподаватели разбежались только после драгонад[13] 1686 года, найдя прибежище в Нидерландах. Зато Людовик XIV после присоединения Эльзаса к Франции в 1681 году подтвердил привилегии Страсбургского университета. Тамошние профессора-лютеране присваивали ученые степени католикам и протестантам без разбора.
В то время как гугеноты искали спасения от притеснений в протестантских странах, гонимые католики устремлялись во Францию и Испанские Нидерланды. В 1569 году Уильям Аллен основал в Дуэ семинарию для подготовки английских священников, программа обучения в которой частично воспроизводила программу местного университета. 25 марта 1575 года испанский губернатор, уступая давлению со стороны английской королевы Елизаветы I, которая вообще хотела закрыть это католическое заведение, потребовал перенести его в Реймс. Во время реймсского изгнания англичане перевели Новый Завет на родной язык и опубликовали его в 1582 году. Спустя десять лет они вернулись в Дуэ и к 1609 году завершили перевод на английский всей Библии.
Там же, в Дуэ, епископ Джон Лесли, написавший историю шотландской королевы Марии Стюарт, основал в 1573 году шотландскую коллегию. Он был противником Реформации и считал, что протестантская Англия подрывает союз между Францией и Шотландией. Шотландцы, жившие во Франции, автоматически получали двойное подданство. В конце XVII века в коллегию поступали бежавшие с родины сторонники низвергнутых Стюартов. Последний британский монарх-католик Яков II Стюарт, также нашедший приют во Франции, распределил свою библиотеку и прочие исторические раритеты между шотландскими коллегиями Дуэ и Парижа.
Наконец, в 1603 году ирландец Кристофер Кьюсак основал в Дуэ коллегию Святого Патрика, опираясь на поддержку испанского короля Филиппа III. В 1610 году коллегия слилась с факультетом теологии местного университета. Со временем ирландские коллегии возникли в Тулузе, Бордо, Нанте, Лилле, Антверпене, Лувене и Париже. Они поддерживали неугасимое пламя борьбы за свободу и независимость, а потому привлекали к себе пристальное внимание английских шпионов и агентов влияния.
