Помимо борьбы между католиками и протестантами, вся католическая Европа пережила конфликт между университетами и иезуитами, взявшими под свое начало почти всю систему среднего образования. В 1626 году университет Лувена даже отправил в Испанию богослова Корнелия Янсения (1585–1638), чтобы тот попытался сплотить все университеты против иезуитов. Во Франции провинциальные университеты в конце концов нашли с иезуитами общий язык, но Сорбонна затеяла три крупных судебных процесса, чтобы отстранить монашеский орден, созданный ее же выпускником Игнатием Лойолой, от преподавания наук. Первый процесс состоялся в 1565 году, когда иезуиты только-только обосновались в Латинском квартале Парижа и открыли Клермонский коллеж; второй — в 1594-м. Иезуитов изгнали из Франции, но вновь вернули в 1611 году, после третьего процесса. Когда Королевский совет разрешил иезуитам преподавать все науки в Клермонском коллеже, университет перешел в контрнаступление, запретив присваивать ученые степени обучавшимся у иезуитов; отныне студенты должны были не только предоставлять справку о посещаемости, но и клясться, что у них не было других учителей. Тогда иезуиты стали сами присваивать ученые степени, опираясь на соответствующую буллу папы римского. Перемирие было заключено лишь в 1642–1643 годах: иезуиты больше не претендовали на присуждение ученых степеней, а Парижский университет не закрывал свои двери перед выпускниками Клермонского коллежа, особенно после того, как в 1682 году ему было присвоено название Королевский коллеж Людовика Великого.
Между тем учение Янсения о предопределении и благодати, изложенное в его книге о Блаженном Августине и противостоящее доктрине иезуитов, послужило толчком к возникновению во Франции и Нидерландах нового религиозного течения — янсенизма. Людовик XIV относился к нему резко отрицательно и на этой почве сумел столковаться с иезуитами, чтобы изгнать из университета Дуэ, к тому времени ставшего французским, профессоров-янсенистов.
В 1762 году Орден Иисуса был окончательно запрещен во Франции; Парижский университет немедленно прибрал к рукам бывшие иезуитские коллежи. Но он недолго праздновал победу: с изгнанием иезуитов в обществе начали множиться проекты образовательной реформы, а закончилось всё, как мы уже знаем, закрытием всех университетов.
