Когда Генрих Наваррский, перешедший в католичество ради того, чтобы занять французский престол под именем Генриха IV, в 1594 году вступил в Париж, нельзя было не изумиться и не преисполниться скорби при виде университета. Как писал один современник, его стены оглашали вопли иноземных наемников, сваливавших там свою амуницию, блеяние овец и мычание быков; короче говоря, храм наук превратили в авгиевы конюшни. Четыре года спустя король издал Нантский эдикт, предоставлявший свободу вероисповедания и наделявший протестантов некоторыми привилегиями.
Университеты перестали быть подконтрольными папе и перешли под влияние светских властей. С начала XVII века устав Парижского университета составлялся королевскими комиссарами по согласованию с парламентом, высшей судебной инстанцией. Такой подход гарантировал толерантность — но не везде. В Кане и Монпелье католики и протестанты совместными усилиями принялись возрождать университеты. Зато кардинал Лотарингский, в свое время основавший Реймсский университет, вознамерился не допустить распространения «ереси» в своей провинции.
К тому времени у французских протестантов уже были свои высшие школы, созданные по женевскому образцу, которые называли академиями, — в Ниме, Ортезе, Оранже, Седане. Проучившись два года философии и получив степень магистра искусств, студент мог приступить к трехлетнему курсу богословия. Для углубленного изучения первоисточников требовалось знание древнееврейского и греческого языков, латинской грамматики и риторики; эти предметы входили в учебную программу. Один из профессоров избирался ректором на год или два. Финансирование академий осуществлялось синодами.
Академии готовили протестантских проповедников — это было их главное предназначение, но некоторые предоставляли также возможность изучать другие дисциплины, в том числе математику и музыку. Например, в 1583 году Генрих Наваррский присвоил академии, основанной его матерью Жанной д’Альбре в Ортезе в 1566 году, статус Королевского университета Беарна с правом выдавать дипломы докторов не только богословия, но и естественных наук, права и медицины. А вот в Академии Монтобана, получившей этот статус в 1598 году, кафедры математики, юриспруденции и медицины пустовали за неимением средств.
В 1599 году «гугенотский папа» Филипп Дюплесси-Морней основал в Сомюре Протестантскую академию, прославившуюся на всю Францию, да и на всю Европу, и привлекавшую многочисленных студентов, местных и иностранных.
