Вначале царь расправился со своими знатными противниками. Первой его жертвой пал старый опричник, боярин Богдан Яковлевич Вельский. Летом 1599 г. Борис послал его во главе трехтысячного отряда возводить один из важнейших форпостов на степной «украине» — крепость Царев-Борисов. «Богдан же, человек богатый, пошел на строительство города с великим богатством и всякого запаса взял с собой много, и пришел на то городище, и град начал делать сперва своим двором, и сделал своими людьми башню и стены и укрепил великой крепостью. Потом же по тому образцу повелел и всей рати делать, и вскоре сделали весь град и укрепили его всякой крепостью. Ратных же людей поил и кормил каждый день, и бедным давал деньги, и платья и запасы»[21]. Все это сделало его популярным на Москве, и, забыв об осторожности, боярин без всякого уважения стал отзываться о царе: «Пусть Борис Федорович царствует на Москве, а я теперь царь в Цареве-Борисове». Впрочем, не только это стало вскоре причиной опалы боярина: как глава Аптекарского приказа, он был заподозрен по доносу иноземца-аптекаря в попытке «извести» своим лечением царя Бориса. Вельского предали позорной казни, лишили думного чина и отправили в ссылку в нижегородское имение[22].
Уже при восшествии на престол Бориса постиг тяжелый недуг, и все последующие шесть лет он провел «не царствуя, но всегда болезнуя». Возможно, что слухи о близкой кончине ненавистного выскочки и заставили повести себя столь дерзко и Вельского, и Романовых, которые осенью 1600 г. собрали в Москве большое количество своих слуг и сторонников. Однако Борис опередил возможно готовящийся удар: в ночь на 26 октября несколько сот стрельцов с горящими факелами выступили из Кремля и, открыв пальбу, атаковали подворье Романовых. Никитичи и их родственники были арестованы по обвинению «извести» царскую семью колдовством. Как и в случае с Вельским, остальные бояре лишь способствовали судилищу, радуясь падению соперников. Ложное обвинение было сфабриковано с помощью холопских доносов, которые поощрялись сторонниками Бориса. «И от тех наветов в царстве была великая смута, друг на друга доносили, и попы, и чернецы, и пономари, и просвирницы. Да не только эти люди, но и жены на мужей доносили, а дети на отцов, от такого ужаса мужья от жен своих таились. И в тех окаянных доносах много крови пролилось неповинной: многие от пыток померли, иных казнили, иных по темницам рассылали, дома разоряли; ни при каком государе таких бед никто не видел»
