Восшествие его на престол сопровождалось рядом различных интриг, политических комбинаций, а также событий, символичных для общественного мнения. Прежде всего, это история с посохом Федора Иоанновича. По легенде, глубоко укоренившейся в народном сознании и известной современникам — иностранцам, умирающий царь вручил знак своей державной власти — скипетр, или «посох», — ближайшему родственнику, двоюродному брату Федору Никитичу Романову, но Годунов, вопреки этому, завладел престолом. Это образно, по-народному передает обстановку, сложившуюся перед избранием нового царя. Федор и Александр Романовы, а также князь Федор Иванович Мстиславский являлись более родовитыми боярами, чем Годунов, и знать не могла добровольно пойти на признание царем последнего. Для преодоления ее сопротивления было недостаточно ни Земского собора, наспех собранного сторонниками правителя, ни поддержки служилого люда и низов московского посада: в ответ выдвигались альтернативные проекты боярского правления или избрания на престол князя Симеона Бекбулатовича, бывшего при Грозном в течение года номинальным царем России.
В этих условиях было объявлено об угрозе нового татарского вторжения, хотя в действительности хан в это время готовил поход в Венгрию, против австрийского императора. Годунов объявил о своем государевом походе и общем сборе войск под Серпуховом. Разрядная роспись, составлявшаяся в подобных случаях, должна была включать всех бояр и иных думных чинов. Выступив в поход и обращаясь за разрешением возникавших местнических споров к Годунову, они неминуемо признавали его царский авторитет. Ратные люди, собравшиеся в огромном лагере на берегах Оки, были щедро обласканы знаками царского внимания: от государева имени их «спросили о здоровьи», потчевали за царским столом и наградили денежным жалованьем. Серпуховский поход стал и новым успехом российской дипломатии: крымские послы, грозно встреченные огромным войском, явились к Борису с предложением мира и признали за ним царский титул. Многоходовая «предвыборная кампания» триумфально завершилась 3 сентября 1598 г. венчанием Бориса на царство в Успенском соборе Кремля.
Современники ставили в вину новому государю, что «аще и разумен бысть Борис в царских правлениих, но писаниа Божественаго не навык и того ради в братолюбии блазнен бываша». Иностранцы понимали подобные суждения как указание на безграмотность бывшего боярина, однако это неверно. Дело в том, что царь в своей внутренней политике так и не смог повести себя действительно по-царски, поднявшись над боярскими склоками и оставив дешевый популизм по отношению к народу, — и в этом, несомненно, сказалась недооценка им церковной, сакральной составляющей царской власти в России.
