Царствование Федора Иоанновича было довольно мирным: ни царь, ни правитель войны не любили и брались за оружие лишь в случае крайней необходимости. И все-таки однажды пришлось прибегнуть к силе. В вялотекущей войне со Швецией (1590–1595) русским удалось вернуть Иван-город, Яму, Копорье и Корелу, отнятые у России при Иоанне Грозном.
Не все спокойно было и в некоторых районах страны: Казань доставляла немало хлопот; какое-то брожение наблюдалось в черемисских лесах. По решению правительства, на горной и луговой сторонах Волги были построены города-крепости: Цивильск, Уржум, Царевгород на Кокшаге, Санчурск и другие. С их заселением в этих, еще недавно бедственных землях, стало спокойнее и тише.
15 мая 1591 года царевич Дмитрий был убит в Угличе, по официальной версии, смертельно ранив себя ножом во время эпилептического припадка. Добрый Федор неутешно плакал по брату. По факту убийства была назначена следственная комиссия, в которой одним из главных исполнителей был боярин Василий Иванович Шуйский.
Как ни старался Годунов показать свою невинность в смерти Дмитрия, в народе крепло убеждение, что сделал это именно он. И народ, несмотря на все благодеяния и милости, которые делал для него хитрый правитель, не мог простить ему мученической смерти царевича, последнего отпрыска царского дома. Историки до сих пор делятся на тех, кто считает Бориса Годунова организатором убийства царевича Дмитрия, и тех, кто связывает его гибель с несчастным случаем.
Нападение крымского хана Казы-Гирея в июне 1591 года на Русь несколько отвлекло народ и Бориса от дум о Дмитрии. Хан, уверяя, что идет на Литву, неожиданно с большими силами подошел к столице. Борьба с татарами шла прямо на московских полях и закончилась поражением хана. В память о спасении Москвы был заложен Донской монастырь, от имени святой иконы Богоматери, которая была с Дмитрием на Куликовском поле и с Годуновым в московской битве с Казы-Гиреем. Вся честь победа должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и в чужих землях.
Через год после убийства Дмитрия у Федора родилась дочь Феодосия, которая вскоре умерла. Среди народа, недоверчивого к Годунову, распространился слух, что Ирина родила сына, но Борис подменил его девочкой, чтобы не было претендентов на престол. Говорили, что и в смерти девочки он также виновен.
Самым важным и печально памятным делом Годунова в царствование Федора было прикрепление крестьян к земле. Недостаток рабочих рук для обработки больших земельных площадей приводил к тому, что крестьяне, недовольные своими хозяевами, перебегали от одного землевладельца к другому. До сих пор переход крестьян разрешался в течение двух недель около осеннего Юрьева дня. Стремясь расположить к себе служилых людей, в основном мелких помещиков-землевладельцев, Годунов от имени царя запретил всяческие переходы крестьян от помещика к помещику. «Вот тебе, бабушка, и Юрьев день!» – горькая шутка-ирония надолго стала крестьянской поговоркой. А в 1598 году вышел указ, по которому вольные слуги, прослужившие у господина более полугода, становились его холопами. Они прикреплялись уже не к земле, а к господину, отдаваясь в его полную власть. Несчастное крепостное право в России сформировалось…
