С этих пор Борис Федорович Годунов сделался единым и самовластным правителем в Московском государстве. Правда, оставался еще главный претендент на престол – царевич Дмитрий из Углича, но Борис никогда не забывал о его существовании…
Внутри царства все было спокойно. Федор только значился царем. Фактически всеми государственными делами управлял Годунов, «закрывавший своей колоритной фигурой слабую тень венценосца». Он поддерживал значение Федора как царя на такой высоте, на какой ему было это выгодно. Правительство занималось переписью людей и пашенных земель, налоговой политикой, заселением пустующих земель, постройкой городов. В 1584 году московские воеводы Нащекин и Волохов основали на берегу реки Северная Двина город Архангельск. Астрахань укрепили каменной стеной. Оживилось строительство в Москве. Был основан город Уральск; около 1584 года 600 или 700 волжских казаков выбрали себе место жительства на берегах реки Яик. Это было время расцвета в истории донских и волжских казаков. От Азова до Искера гремела их слава, раздражая турецкого султана и крымского хана. Казаки смиряли ногаев и утверждали власть московских царей за Уралом, в Сибири. В Сибири с успехом продолжалось покорение и колонизация страны, были построены Тюмень, Тобольск.
Не пытаясь вершить государственными делами, Федор Иоаннович всецело отдался своим склонностям. Простой, тихий, чрезвычайно набожный, очень ласковый и милостивый царь вставал около четырех часов утра и после туалета принимал своего духовного отца с крестом, который лобызал. Затем крестовый дьяк вносил в комнату икону Святого, празднуемого в тот день, перед которой Федор молился около четверти часа… Любил он вкусно поесть и обязательно отдыхал два или три часа днем. Весь день проводил он в моленьях, службах, ласковых беседах с боярами и нежном ворковании с супругой. Вечер проводил с шутами, карлами и карлицами. После ужина умиротворенно молился и отходил ко сну…
После смерти короля польского (Речи Посполитой) Стефана Батория (1586 год) у некоторой части литовско-польских панов возникло желание посадить на освободившийся престол московского государя Федора Иоанновича, объединив под началом единого короля Литву, Польшу и Россию. Идея эта всячески поддерживалась Годуновым. И если бы русская сторона выплатила 200 тысяч рублей, сумму, требующуюся для успеха Федора на выборах в сейме, избрание его было бы вполне вероятным. Но денег в казне не нашлось. Сейм избрал королем Речи Посполитой шведского королевича Сигизмунда, того самого, чье участие в делах России в смутное для нее время будет особенно заметным.
