Борис, стараясь удержать народонаселение в середине государства, нуждался, однако и в расширении его на окраинах. Нашествие крымского хана убеждало его в необходимости умножать число городов на юге и населять ратными людьми. Таким образом, в конце 1593 года Борис расселил крестьян вниз по реке Осколу – Белгород, Оскол, Валуйки.
В царствование Федора Иоанновича в России было учреждено патриаршество. До этого русские первосвятители носили титул митрополита. Назначение митрополита всегда утверждалось константинопольским патриархом. Но со второй половины XV века, особенно после захвата турками Царьграда (Константинополя) в 1453 году, значение константинопольского патриарха, ставшего как бы пленником турецкого султана, стало падать. Русская церковь стала вполне самостоятельной, а московский митрополит и по власти, и по средствам был несравненно выше лишенного власти и средств патриарха. Первым русским патриархом был назначен (26 января 1589 года) митрополит Иов. Собор восточных патриархов через два года учредил введение патриаршества в России…
В конце 1597 года Федор тяжело заболел. Царь постепенно лишился зрения и слуха. 7 января 1598 года Федор Иоаннович скончался.
Перед смертью простился он наедине с нежной супругой своей Ириной, а на печальный вопрос патриарха, кому оставляет он царство, подданных и царицу, прошептал в ответ: «в царстве, в вас и в моей царице волен Господь Всевышний…» Борис Годунов объявил позднее, что Федор вручил державу Ирине, а главными советниками ее назначил патриарха Иова, двоюродного брата своего Федора Никитича Романова и шурина, Бориса Годунова.
Девятого января совершилось погребение Федора в храме Архангела Михаила, рядом с могилой Иоанна IV Грозного.
Народ любил почившего государя, приписывая действию его молитв благосостояние Отечества. Знаменитый памятник Москвы – Царь-пушка. Известно, что отливал ее на Пушечном дворе, который находился между современными улицами Неглинкой, Пушечной и Рождественкой, «пушечный литеец» Андрей Чохов «Повелением Благоверного и Христолюбивого Царя и Великого Князя Федора Иоановича, Государя и Самодержца всея Великия России, при Его Благочестивой и Христолюбивой Царице и Великой Княгине Ирине. Слита бысть сия пушка в преименитом и царствующем граде Москве лета 7094 (1586), в третье лето Государство его». Сделана пушка из бронзы, на ней изображен государь Федор Иоаннович со скипетром и в короне, за что и получила она царский титул.
