Любя свою супругу, кроткий Федор и в хитром, льстивом брате ее видел лишь своего истинного добродетеля, а потому с радостью в душе целиком передавал ему управление страной. Властолюбивый Борис, поставивший перед собой цель непременно взойти на Олимп власти и тем возвысить свой род, умело пользовался и любовью царя, и ситуациями. Действуя осторожно, обдуманно и только наверняка, он вскоре получил самый высокий боярский титул и стал наместником двух царств: Казанского и Астраханского. Был он после царя самым богатым человеком в России. Он был уже не просто временщик и любимец, а властитель в государстве. По существу, Годунов стал истинным правителем. Он повелевал именем царя, но действовал по своему усмотрению и по совету близких ему людей.
Именем царя были смещены «худые» воеводы, увеличили жалованье чиновникам. Следовало восстановить честь оружия и спокойствие России. Начали с Казани. Годунов больше умом, чем мечом, усмирил мятежных черемисов. Во внешних делах Борис Годунов следовал правилам лучших времен Ивана Грозного. Продолжались сношения с Англией и Литвой. В итоге переговоров Россия и Литва заключили мир на 2 года. Россия постоянно остерегалась Крымского ханства. Хан Магмет-Гирей не раз посылал отряды татар в юго-восточные пределы России. Одновременно Федор и бояре внимательно следили за действиями Турции. На юго-востоке в 1586 году кахетинский царь Александр отдался в подданство московскому государю.
Так в течение первых лет царствования Федора (или правления Годунова) проводилась Россией внешняя политика – не без хитрости и не без успехов, более осторожно, чем смело, с помощью угроз и обещаний, не всегда искренних. Русские не шли на войну, но готовились к ней, везде усиливали рать, проводили воинские смотры.
Нелегко было оставшимся членам Верховной Думы и представителям знатных боярских родов смирить гордыню, видя стремительное возвышение любимца царя, еще очень молодого, татарского происхождения и незнатного. Иван Мстиславский и Шуйские составили против Годунова заговор с целью его убийства. Но, ни заговор, ни последующая затем попытка расторгнуть брак Федора с якобы бесплодной Ириной и тем отторгнуть Бориса от царя, успеха не имели. Набравший силу Годунов жестоко расправился со своими противниками. По его приказу Иван Мстиславский был пострижен в монахи, а Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские были тайно умерщвлены. Вместе с ними пострадало и много других знатных людей: иных сослали, других посадили в темницы, а кому-то отрубили голову. Было пролито множество невинной крови. Пострадал и митрополит Дионисий, пытавшийся было защитить перед царем жертвы годуновской мести. Но слишком близко к Федору был его шурин. Митрополит был свергнут и заключен в монастырь. Новым митрополитом был назначен покорный Борису архиепископ Иов.
