Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным Иосифом Сталиным, органы 3-го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы, а само Управление НКО получило наименование «Управление Особых отделов с передачей в НКВД СССР»[8].
Главной задачей Особых отделов согласно постановлению ГКО от 17 июля 1941 года стала «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе».
Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов Родины»[9].
19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.
Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) Управления НКГБ комиссар 3-го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 20-е годы). Были назначены начальники Особых отделов:
Северного фронта — бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;
Северо-Западного фронта — бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;
Западного фронта — нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;
Юго-Западного фронта — бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;
Южного фронта — бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;
Резервного фронта — бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.
В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов — стрелковые взводы, при Особых отделах армий — отдельные стрелковые роты, при Особых отделах фронтов — отдельные стрелковые батальоны с укомплектованием этих частей из войск НКВД
