Началась организация контрразведывательных отделений 3-х отделов военных округов, армий и фронтов, их структура предусматривала наличие трех отделений — по борьбе со шпионажем, националистическими и антисоветскими организациями и антисоветчиками-одиночками.
Военными чекистами были взяты под контроль военные сообщения, доставка военного снаряжения, вооружений и боеприпасов в действующую армию, для чего на железных дорогах были учреждены 3-и отделения, деятельность которых переплеталась (и, видимо, в чем-то дублировала) с органами госбезопасности на транспорте.
В начале июля 1941 года начальник 3-го управления НКО Анатолий Николаевич Михеев приказом наркома обороны Семена Константиновича Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых 3-х отделов[6].
Приказом НКО СССР и НКВМФ СССР от 13 июля 1941 года[7] было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции», в котором определены структура, права и обязанности подразделений военной цензуры, методика и техника обработки корреспонденции, а также приведен перечень сведений, являющихся основанием для конфискации отправлений, и в соответствии с которыми сформированы при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и военно-почтовых станциях отделения военной цензуры, на укомплектование которых направлены 900 контролеров, переданные 4-м отделом НКГБ СССР (из них для 3-го Управления НКО СССР — 650 контролеров и для 3-го Управления НКВМФ СССР — 250 контролеров).
В системе 3-х управлений НКО и НК ВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).
Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.
Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3-и отделы были организованы при Ставках Главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.
