В качестве московской улицы Пречистенка появилась на свет в начале XVI века позже своей соседки Остоженки. Городские постройки вдоль этой улицы начали формироваться после учреждения опричнины, в распоряжение которой по повелению Ивана Грозного отошла Чертольская улица, так тогда называлась Пречистенка. К XVII веку на большей части правой стороны Чертольской улицы находилась строения, принадлежащие слободе стрелецкого приказа под началом Афанасия Левшина. На противоположной стороне улицы располагалась дома слободы другого стрелецкого приказа, командирами которого были отец (Дмитрий) и сын (Иван) Зубовы. Стрельцы этих полков участвовали в Азовских походах Петра I. Участвовали они и в московском стрелецком бунте 1698 года. После массовых казней участников этого бунта слободы обоих стрелецких полков в Москве были упразднены. Фамилии же стрелецких полковых командиров сохранились до наших дней в наименованиях Левшинских переулков Пречистенки, Зубовской площади и бульвара. Считают, что окончательно Пречистенка как московская улица утвердилась после основания Новодевичьего монастыря, куда она вела от кремлевских ворот. Правда, вначале она сохраняла свое прежнее наименование – Большая Чертольская. Малой Чертольской в то время была нынешняя Волхонка, а там, где эти улицы встречались у стены Белого города, стояли Чертольские ворота.
Есть несколько вариантов, поясняющих возникновения таких наименований. Наиболее убедительным представляется объяснение, связывающее их с местом, где несколько сотен лет тому назад по дну глубокого и извилистого оврага, где сегодня пролегает Гоголевский бульвар, протекал ручей, который затем впадал в Москву-реку. Тогда это место называлось Чертолье, а ручей – Черторый. Из-за весенних паводков или обильных осадков ручей Черторый становился многоводным, бурным. Он разливался по теперешней площади Пречистенских ворот, делая это место трудно переходимым, размывал и обрушивал склоны оврага там, где сегодня проходит Гоголевский бульвар. Как в сердцах говорили – будто черт рыл, чтобы напакостить людям. В 1870 году этот ручей был заключен в трубу, площадь Пречистенских ворот выровняли. Единственное дошедшее до наших дней напоминание о том времени – короткий Чертольский переулок, соединяющий Пречистенку с Гагаринским переулком, переименованным в 1962 году в улицу Рылеева, а затем обратно в Гагаринский переулок. Правда, справедливости ради, следует сказать, что Чертольским переулок был наречен только в 1922 году, а до этого именовался Царицинским.
