Однако для этих целей его уже не устраивало анахроническое вероучение, откровенно враждебное науке. Ему нужна была иная теологическая интерпретация православия, которая не только допускала бы определенную возможность развития науки, примиряясь с ней, но и обосновывала бы приоритет светского начала над церковным в общественной, и прежде всего государственной, жизни. Именно такая теологическая система и была создана Прокоповичем. Нельзя не видеть, что, приспособляя православие к новым условиям и модифицируя его в реформистском духе, он способствовал его укреплению. Вместе с тем очевидно и то, что, допуская большую свободу науки по сравнению с предшествующими православными богословами и требуя введения разума в теологию, он объективно становился на путь, ведущий в конечном итоге к ее разрушению.
Действительно, по мнению Прокоповича, богословие принципиально отличается от всех наук, в том числе и философии, уже тем, что оно, и только оно, базируется на божественном откровении, которое является его адекватным объектом. Данное людям в глубокой древности применительно к их низкому уровню понимания, откровение требует для его лучшего и более глубокого усвоения постоянного упражнения и усовершенствования разума, использования достижений науки. Между откровением, законами природы и разумом человека, по мнению Прокоповича, не должно существовать противоречия, ибо они являются гармонически приспособленными друг к другу произведениями одного и того же творца. Однако если между новыми данными науки и библейскими текстами все же обнаруживаются разногласия, то это отнюдь не значит, говорит мыслитель, что выводы науки подлежат отклонению или сомнению. В таких случаях библейские тексты, рассчитанные на понимание древних народов, должны быть истолкованы аллегорически, применительно к уровню представлений и мировосприятию современных людей. Положения же науки должны оставаться незыблемыми, ибо если их посылки истинны, а заключение построено логически правильно, то истинных аргументов против них не может выставить даже сам господь-бог. Именно так он рекомендует относиться к учению Коперника. Если ученики и последователи Коперника, утверждает Прокопович в своем курсе теологии, при помощи математических и физических аргументов докажут истинность своего учения, то Священное писание не должно быть для них препятствием, ибо его можно истолковать аллегорически.
Перед нами попытка примирения религии и науки, но такая, которая и приспосабливает религию к науке, и берет под защиту утверждения науки. В силу своей двойственности и противоречивости она раскрывает две дивергентно расходящиеся возможности: 1) дальнейшего упрочения позиций человеческого разума и науки и 2) более тонкого обоснования религии и приспособления ее к новым условиям. Прогрессивная общественная мысль избрала первую из них.
