Сложность решения вопроса об отношении Прокоповича к знанию и вере обусловлена еще и тем, что сам он был крупнейшим русским теологом. Однако было бы по меньшей мере односторонностью полагать, что Феофан утилизировал идеи Нового времени — коперникианства, картезианства и т. д. только для создания рационального богословия, для защиты и лучшего обоснования религии, позиции которой начали шататься под ударами развивающейся науки. Сочинения Прокоповича в равной мере не дают основания для признания ни этой точки зрения, ни ей противоположной, которая оценивает наследие мыслителя только через призму его вклада в развитие науки и просвещения в России и умалчивает о его отношении к теологии. Обе эти точки зрения односторонни, ибо основаны на упрощении действительно сложного решения мыслителем этого вопроса и не учитывают противоречий переходной эпохи.
Сочинения Прокоповича относятся к тому периоду развития общественного сознания в России, когда процесс размежевания науки и теологии уже начался, но еще далеко не завершился. Поэтому нет ничего удивительного в том, что наука (включая философию), с одной стороны, и теология — с другой, у него и отделены как структурно различные части лекционного курса, имеющие различные объекты и методы исследования, и вместе с тем еще значительно взаимопроникают друг друга.
Ни у кого не вызывает сомнения то положение, что смысл всей деятельности Феофана, и теоретической и практической, был направлен на обоснование, поддержку, защиту петровских преобразований. Для их осуществления прежде всего нужна была наука, а не теология. Поэтому основные усилия Прокоповича направлены на доказательство необходимости основания и развития в России просвещения, науки, учебных заведений и т. д., он вел непримиримую борьбу с невежеством, суеверием, верой в мощи, с подчинением разума церковным авторитетам. Себя и своих единомышленников он называл «ученой», а не «богословской» дружиной. Нелишне в этой связи напомнить и тот, очевидно, не случайный факт, что Феофан дважды уклонялся от слушания курса теологии в Киеве и в Риме. Мечтая о применении своих сил на научном поприще, он говорил о математике, а не о теологии как своем любимом предмете.
Вместе с тем совершенно очевидно и то, что Петр I не мог бы стоять во главе государства дворян, купцов, мануфактуристов и держать в узде простой народ, если бы он не опирался на веру. Более того, в обществе, где господствовало религиозное сознание, без этого он не только не смог бы осуществить своих реформ, но и преодолеть сопротивление реакционного духовенства и боярства. Он должен был противопоставить своим противникам не только доводы от науки, общенародной пользы, русского патриотизма, но и от теологии. Ибо в то время каждая из борющихся сторон изображала свои действия как единственные санкционированные богом, и Петр также нуждался в такой санкции.
