При выяснении взглядов Прокоповича на соотношение церкви и науки важно отметить, что он отрицал определяющую роль церковного авторитета в делах науки. Подобно реформаторам, он считал, что вера имеет индивидуальный, личностный характер, поскольку каждый человек может верить только в то, что он принял своим собственным разумом. Мнение другого человека, общества, церкви в этом смысле есть лишь показание авторитета, которое принимается или отвергается в зависимости от его доказательности для разума данного индивида. Более того, исходя из требования все апробировать рассуждением, разумным доказательством, Прокопович, подобно реформаторам, отвергает значение церкви, соборов, мнения «отцов» церкви как непогрешимого источника веры. Он исключает «традиционный» раздел о церкви из своего богословия. Верующий, по его мнению, не нуждается в посредстве церкви для своего общения с богом. Сохраняя веру и отвергая авторитет церкви, Прокопович по существу предлагает реформистский вариант православия, подобно тому как протестантизм, являющийся христианством буржуазной эпохи, представляет результат реформирования католицизма. Но и то и другое знаменует канун буржуазной эры, ибо наступление на феодализм всегда начиналось с наступления на церковь.
Единым непогрешимым источником веры Прокопович, как и реформаторы, считает Библию. Но он требует введения критерия разума и в рассмотрение библейских текстов. Мыслитель признает право каждого исследователя на самостоятельное истолкование и критический разбор этих текстов. «Разсуждению предаю собственному всех в Священном писании» (16, 35), — говорит он, отвергая существующую традицию.
Не менее смелым со стороны Прокоповича являлось проведенное им сравнение библейских повестей и древнегреческой и римской мифологии. Его результаты изложены им в предисловии и послесловии к книге «Аполлодора Грамматика афинейского библиотеки, или О богах», которая была переведена по приказу Петра I на русский язык в 1725 г. Прокопович в античной мифологии находит аналоги библейским сказаниям. Это снимало ореол святости с Библии, низводило ее до обычного литературного произведения, возникшего на перекрестке исторических дорог многих народов и вобравшего в себя их вековую мудрость, легенды и предания. Это обстоятельство, очевидно, в определенной мере учитывалось Прокоповичем, хотя мнение, высказанное им по этому поводу, было противоречивым. С одной стороны, в трудной для себя ситуации он настаивает на божественности Библии, в частности «Песни песней» и т. д., а с другой стороны, по свидетельству Маркелла Родышевского, «книги Иова, Есфирь, Товия и Юдифь, Маккиавейские, Июды, Иакова и Св. апостола Павла… апокрифами нарицал» (81, 7).
