Осенью 1857 года состоялись выборы президента, депутатов в национальный конгресс и членов верховного суда республики. Были выдвинуты два кандидата в президенты — Комонфорт, который мог собрать голоса умеренных либералов, и Мигель Лердо де Техада, ушедший в отставку с поста министра финансов, представлявший левых. Избирательная кампания проходила в острой борьбе соперничающих группировок. Левые обвиняли Комонфорта в подкупе избирателей и других недостойных махинациях. Незадолго до выборов Лердо де Техада в знак протеста против незаконных действий сторонников своего соперника снял свою кандидатуру, и Комонфорт был избран президентом республики без оппозиции. На этих выборах Хуарес баллотировался от блока левых в депутаты конгресса и в члены верховного суда. Он был избран на оба этих поста. Вскоре он был избран председателем верховного суда, что делало его одновременно и вице-президентом республики. Заняв столь высокий пост, Хуарес становился признанным лидером всех левых либералов страны.
Вслед за этими событиями Комонфорт сделал Хуаресу совершенно неожиданное предложение: занять в его кабинете пост министра внутренних дел, в ведении которого находились полицейские власти страны. В письме к Хуаресу от 21 октября Комонфорт писал: «Приняв мое предложение, ты мне поможешь утихомирить существующее беспокойство в семье либералов, представляющее опасность в трудном кризисе, переживаемом нами; наконец, так как ты хорошо знаешь наше положение и ориентируешься в нем, это тебе поможет в твоей работе в случае, если я по состоянию здоровья или другим серьезным причинам не смогу выполнять обязанности президента, и ты, как председатель верховного суда, должен будешь принять на себя верховное руководство нацией».
Трудно объяснить, в особенности учитывая дальнейшее поведение Комонфорта, чем он руководствовался, делая подобное предложение Хуаресу. Не опасался ли он предстоящего контрреволюционного мятежа и не рассчитывал ли справиться с ним при помощи предельно лояльного к нему Хуареса? Или, может быть, это был ловкий маневр Комонфорта, пытавшегося таким образом усыпить бдительность левых? Или он хотел перетянуть на свою сторону влиятельного сапотека из Оахаки? Или же этот шаг был следствием политического непостоянства и свойственного президенту шарахания из одной крайности в другую?
Как бы там ни было, Хуарес принял предложение Комонфорта. 24 октября он сообщил свое решение президенту, подчеркивая, что долг и убеждения обязывают его в данных обстоятельствах «сотрудничать любыми средствами в развитии славной революции, начавшейся в Аютле». А три дня спустя, передав пост губернатора своему заместителю и попрощавшись с Маргаритой и детьми — у него только что родился сын, — Хуарес поспешил в столицу, где его ждали сложные и трудные обязанности министра внутренних дел, председателя верховного суда и вице-президента республики.
