Реакционные круги встретили новую конституцию в штыки. Церковь запретила под страхом отлучения присягать на верность ей и объявила бойкот государству.
Позицию церкви одобрил сам папа римский Пий IX, объявивший недействительными постановления мексиканского правительства, относящиеся к церкви. Все указывало на то, что реакционеры, воспользовавшись демократическими свободами, предоставленными всем гражданам конституцией, попытаются захватить власть и отменить основной закон республики.
Хуарес не испытывал иллюзий на этот счет. «Как только была опубликована политическая конституция страны, — пишет он в своих автобиографических заметках, — я немедленно поспешил провести ее в жизнь, главным образом те положения, которые касались местного самоуправления. Штаты, считал я, должны образоваться не теряя времени, ибо опасался, что из-за некоторых принципов свободы и прогресса, включенных в конституцию, в столице республики вспыхнет мятеж, который разрушит верховную власть нации. Было бы желательно, чтобы штаты к тому времени оказались в состоянии подавить мятеж и восстановить законные власти, избранные на основе конституции».
Осуществляя эти планы, Хуарес и его единомышленники созвали провинциальное учредительное собрание. Оно выработало и приняло конституцию штата, согласно которой были проведены выборы в губернаторы, на пост которого подавляющим большинством голосов был избран Хуарес. Из 112 541 голоса он получил 100 336, остальные — его противник, кандидат реакции. Теперь Хуарес вновь стал законно избранным губернатором штата.
Традиция требовала, чтобы губернатор перед вступлением в должность посетил в местном кафедральном соборе торжественный молебен — «те деум». На этот раз церковники объявили, что они не пустят Хуареса в собор, демонстративно закроют перед ним двери. Они надеялись, что вновь избранный губернатор силой заставит их служить молебен, и они таким образом предстанут перед верующими в ореоле мучеников. Церковники просчитались. Хуарес просто игнорировал их. При вступлении в должность он ограничился только гражданской церемонией. Объясняя свое поведение, Хуарес отмечал в автобиографии: «Гражданские правители не должны придерживаться каких-либо религиозных взглядов, ибо они обязаны гарантировать свободу для всех культов, которые пожелают исповедовать граждане. Эти свои обязанности правители не смогут достойным образом выполнить, если они сами будут исповедовать какой-нибудь культ. Вступление в должность губернатора показалось мне оказией для изменения вредного обычая, согласно которому губернатор принимал участие в церковных актах и даже в монашеских процессиях, теряя время, нужное для дел, приносящих пользу обществу».
