Одновременно, в качестве временной меры, была создана переходная к новому комплексу версия самолета, который оснастили модернизированным комплексом «Шмель-М», имеющим увеличенную дальность обнаружения целей и расширенные возможности по их сопровождению. Кроме того, РЛС этих А-50 имеет пассивный режим определения и противодействия средствам РЭБ противника, а быстродействие ЦВМ выросло почти в 2 раза за счет обновления элементной базы. В зарубежных источниках его иногда называют А-50У и А-50М, что не совсем верно.
Первый полет машина данной версии совершила в 1989 г., первую из них передали заказчику 31 марта 1990 г.
В 1995 г. один из модернизированных А-50 демонстрировался на авиасалоне в Жуковском.
В 1987 г. в одном из зарубежных авиационных журналов был опубликован рисунок трехкилевого А-50. Причина такого решения очевидна — вынести из зоны обзора РЛС киль самолета, заменив его тремя меньшей высоты. Наиболее «продвинутые» любители авиации даже видели, как этот самолет прилетал в марте 1995 г. на аэродром Чкаловский. Но существование такой машины вызывает большие сомнения: за более чем 20 лет где-то что-то было бы уже известно, а так — тишина… Возможно, в руки иностранным журналистам попал один из вариантов компоновки А-50, а, возможно, это просто был плод чьего-то воображения.
Еще с 2003 г. в ОАО «Концерн «Вега» начались работы по модернизации находящихся в строю А-50, причем, как непосредственно РТК, так и самолета. В полном объеме они развернулись в 2008 г.
Заводские испытания машины продолжались до июля 2009 г., а совместные завершились 26 ноября того же года.
Усовершенствованный вариант А-50У получил новую элементную базу бортового радиотехнического комплекса (замена аналогового оборудования цифровым), что позволило снизить его массу. По заявлению военных, если раньше оборудование занимало половину грузовой кабины А-50 3*, то теперь вмещается всего в двух «дипломатах». Единственное, что настораживает российских военных — большинство электроники западного производства, и никто точно не знает, какие «сюрпризы» могут в ней скрываться. В то же время разработчики подчеркивают, что, действительно, в модернизированном РТК используются иностранная элементная база, но вот разработка ее полностью российская, а происхождение элементов некритично.
Усовершенствованы были также САУ, комплекс связи, на самолете установлена т. н. «стеклянная кабина». Также модернизированы рабочие места членов тактического экипажа самолета: например, теперь информация отображается не на дисплеях с ЭЛТ, а на жидкокристаллических индикаторах. И, к радости экипажа, в грузовой кабине наконец-то оборудовали места для отдыха, буфет с бытовым оборудованием и «нормальный» туалет.
