После этого городской совет Базеля назначил Филиппа Теофраста профессором физики, медицины и хирургии, положив высокое жалование. Лекции Парацельса в местном университете, в отличие от выступлений коллег, не были пересказом авторитетнейших мнений Галена, Гиппократа и Авиценны, изложение которых являлось основным занятием профессоров того времени. Его учение было собственным, основанным на практическом опыте, и он преподавал его, невзирая на чужие мнения, заслуживая этим аплодисменты студентов и ужасая своих ортодоксальных коллег тем, что нарушал установленный обычай учить только тому, что можно надежно подкрепить устоявшимися, общепринятыми свидетельствами.
Свои знания и умения Парацельс активно применял, значительно превосходя в медицинском искусстве базельских докторов. Ему нередко удавалось излечивать тяжелобольных, которых коллеги авторитетно объявляли неизлечимыми (этот факт удостоверен Эразмом Роттердамским – добросовестным и образованным наблюдателем).
Но это закончилось тем, что в 1528 году Парацельсу пришлось тайком покинуть Базель, где ему угрожал суд за вольнодумство. Он вынужден был скитаться по горам и лесам, переходя из одной деревушки в другую, изредка врачуя крестьян.
Доктор хотел осесть в Кольмаре, чтобы всерьез заняться врачебной практикой, но задержался там всего на полгода. Он не мог смириться с невежеством, шарлатанством лиц, облаченных в докторские мантии, и в Кольмаре остался верен себе. Независимое поведение чересчур смелого доктора, резкие суждения о собратьях по цеху, отказ от слепого преклонения перед авторитетами пришлись по нраву далеко не всем. К тому же Парацельс занимался алхимией, усердно изучая труды восточных магов и мистиков.
Человек увлекающийся, пытливый, он проявлял интерес ко всему, где, как ему казалось, можно открыть что-то новое. Он заблуждался, нередко попадал в плен суеверных представлений, терпел неудачи, но продолжал поиски. Все это давало пищу для домыслов о том, что Парацельс вступил в контакт с самим дьяволом.
Положение усугублялось тем, что в Кольмаре продолжали сохранять свои позиции католики. Они ревностно следили за тем, чтобы никто не осмеливался выступать с суждениями, шедшими вразрез с установившимися представлениями. Только каноны, освященные католической церковью, признавались действительными, а любая попытка подвергнуть их пересмотру объявлялась кощунственной. В любую минуту Парацельсу могли предъявить обвинение в ереси и учинить над ним расправу.
