Прежний храм сделался тесным для умножившейся братии, и преподобный Елеазар решился построить каменный храм в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение». Собранных средств было почти достаточно; к тому же преподобный мог рассчитывать на благотворительность некоторых поморов. Боголюбивому русскому царю направили просьбу о строительстве нового храма и вскоре получили разрешение. Благочестивый царь, приняв живое участие в деле, предписал двинскому воеводе, князю Львову, отпустить на это строительство деньги из таможенных сборов, с условием, чтобы анзер— ские пустынники молились Богу за упокой души его родителя, покойного Святейшего Патриарха Филарета. Мало того, царь повелел Львову послать в скит строителей с рабочими людьми, опытными в каменном деле. Соловецкому же игумену Варфоломею было приказано выдавать с монастырского завода для предполагаемого строительства кирпич и известь, с оплатою из сумм, принадлежащих Анзерскому скиту (то есть пожалованных царем и уже имевшихся).
Но доброму намерению не суждено было исполниться так быстро, как того хотелось бы…
Соловецкому игумену Варфоломею не нравилось дело, задуманное преподобным Елеазаром, и он донес в Москву, что анзер— ский скитоначальник затевает церковное строение не по средствам и что в монастыре нет запаса необходимых материалов. Хотя игумен Варфоломей вскоре оставил настоятельство, строительство каменной церкви отложилось на неопределенное время. Преподобному Елеазару пришлось испытать много неприятностей и огорчений. Несмотря на это, он не унывал и не оставлял своего намерения.
Через восемь лет новые обстоятельства помогли старцу приступить к начатому делу. Царь Алексей Михайлович Романов, вступив на престол по кончине своего родителя, вспомнил об анзерском пустыннике, предсказавшем некогда его рождение, и пожелал видеть преподобного. Почтенный отец Елеа— зар, несмотря на старческую немощь, отправился в столицу и был милостиво принят государем.
Царь вручил ему собственноручно подписанную утвердительную грамоту (в документах она датирована 11 февраля 1646 года), а новому соловецкому игумену Илие повелел выстроить в скиту каменную церковь и донести в приказ Большого дворца боярину князю Львову, во что обойдется строение. Казалось, теперь все препятствия были устранены. Тем не менее игумен Илия не приступил к постройке, пока не получил подтверждения царского приказа от двинского воеводы, князя Ромодановского. Между тем, негодуя на преподобного Елеазара, он даже держал его некоторое время в Соловецком монастыре в заключении.
