При столь нелегких трудах игумен Филипп не усомнился приступить к строительству соборного храма в честь Успения Божией Матери. В храме также предполагалось возвести придел в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и присоединить к храму просторную трапезную палату. Надеясь на помощь Государя, игумен Филипп обратился за помощью в Москву. Иоанн IV Грозный был в то время особенно щедр к Соловецкой обители и пожаловал монастырю в 1550 году Колежемскую волость, а в следующем году деревню Сороцкую (Сорока, ныне Беломорск), где при Троицкой церкви первоначально был погребен преподобный Савватий.
Успенский собор был возведен искусными новгородскими зодчими. В 1557 году, в праздник Успения Пресвятой Богородицы, игумен Филипп освятил новый храм.
Вскоре после освящения Успенского собора игумен Филипп объявил братии о своем намерении построить еще более великолепный храм в честь Преображения Господня. Часть иноков высказывала опасение, что нет достаточных средств.
Уповая на Божию помощь, игумен Филипп приступил к строительству. Спасо — Преображенский собор был заложен в 1558 году. «С особенною любовию занимался Филипп сооружением этого храма; все делалось под неусыпным надзором его: своими руками он участвовал в работах, примером своим возбуждая ревность в работавших» (1, с. 51).
Строительство при игумене Филиппе завершено не было, но он успел приготовить утварь, сосуды, образа, ризы, кадила, серебряные подсвечники, цветные стекла для окон, и под папертью, с северной стороны, ископал себе могилу.
Тщательно потрудился будущий всероссийский архипастырь над увековечением памяти о первоначальниках Соловецкой обители и о ее славных подвижниках. То, что ныне известно о них нашему современнику, стало возможным во многом благодаря заботе святого Филиппа. Им было устроено нечто, подобное монастырскому музею, где хранилось множество святынь и монастырских реликвий, в том числе, разысканных им лично. Особо почитаемы были: икона Пресвятой Богородицы Одигитрии, с которой сам преподобный Савватий–чудотворец прибыл на остров, Псалтирь преподобного чудотворца Зосимы и его священнические ризы. Всё было искусно отреставрировано и описано.
И не только в самой обители проявились благие плоды его трудов. В монастырских волостях он входил во все нужды крестьян, вплоть до того, что из монастыря отпускали дрова для варки соли в деревнях. Игумен сам указывал, когда и какие работы проводить, и какими семенами засевать поля. Наиболее вредные пороки — пьянство, а также, как и сейчас, распространившиеся азартные игры — были им запрещены под угрозой изгнания нарушителей из монастырских волостей.
