Много лет прошло в уединении и в сокрытых от посторонних глаз подвигах. Когда он возвратился в обитель, игумен Алексий приблизил его к себе и сделал помощником по разным частям монастырского управления. В 1548 году игумен пожелал передать управление монастырем уже проверенному подвижнику Филиппу. Неоднократно отец Филипп отказывался от звания настоятеля, но игумен Алексий, в душе похваляя смирение избранного им преемника, созвал братию, и, объявив о своей старости и немощах, спросил, кого бы по нем изволили они в настоятели. Братия согласно назвали Филиппа достойнейшим из всех. Тогда, не смея прекословить общему решению, инок Филипп отправился с несколькими уважаемыми соловецкими старцами в Новгород к архиепископу Феодосию, который рукоположил его во пресвитера и вручил ему игуменский жезл.
Престарелый игумен Алексий со всей братией торжественно встретили нового настоятеля на пристани с крестным ходом, ввели в храм и поставил на почетное игуменское место. Сохранилась в истории и дата — 17 августа 1548 года, когда игумен Филипп со— борно совершил свою первую Божественную литургию.
Но «духовная карьера» не интересовала отца Филиппа. Он оставался прежде всего монахом, сердце которого всецело принадлежит только Богу. Монастырское настоятельство же и впоследствии другие высокие назначения он принимал «за послушание» воле Божией и из любви к Божиему народу.
Спустя немного времени силы игумена Алексия стали восстанавливаться, и игумен Филипп упросил его продолжать правление обителью, обещая полное послушание. Отец Алексий вторично принял жезл правления и еще полтора года был настоятелем. Отец Филипп удалился в свою любимую пустынь, и еще более строгой, чем прежде, была его жизнь.
Игуменство святителя Филиппа на Соловках продолжалось 18 лет, считая до дня поставления и до призвания на Всероссийскую митрополию. Уже через десять лет усиленного монашеского подвига «никто из иноков житием, разумом и опытностью» не мог сравниться с отцом Филиппом (12, с. 169).
Соловецкий патерик так повествует о деятельности святого игумена: «На всем легла печать его мудрой прозорливости, не только для тогдашнего, но и для будущего благоустройства обители». Время его настоятельства «…напечатлелось в Соловецкой обители неизгладимыми чертами: там, поистине, если бы умолкли люди, возопили бы самые камни» (1, с. 49).
Монастырское хозяйство, в то время, когда инок Филипп стал игуменом, требовало немалых забот. Еще оставались последствия сильного пожара, произошедшего в 1538 году. Игумен Филипп увеличил число соляных варниц на морском берегу шестью новыми. Царь Иоанн Васильевич в 1548 году разрешил безпошлинно продавать и закупать необходимое. В монастыре готовились к большому строительству: был поставлен кирпичный завод, проводились дороги, было проведено лесоустройство с тем, чтобы беспорядочные рубки не истощали лес. Множество озер острова, общим числом 52, были соединены каналами и сведены к монастырю, у восточной стены которого игумен Филипп благословил копать большое озеро, ныне называемое Святым. За счет системы каналов монастырь был не только обеспечен запасом питьевой воды, но и стены его получили дополнительную защиту с восточной стороны. В то время еще не было тех стен и башен, которые привычны для взора нашего современника, и поэтому для обороны монастыря озеро имело важное значение. В самом монастыре игумен благословил построить корпуса для братских келий в два и три этажа. В гавани Большого Заяцкого острова он соорудил каменную пристань с необходимыми постройками.
