К его заботам и тревогам прибавилась еще одна: его молодой друг Тоби Мэтью, принявший в Италии католичество, что до сих пор сохранялось в глубокой тайне, в августе 1607 года вернулся в Англию. Поскольку он был сыном нынешнего архиепископа Йоркского, эту тайну вряд ли удалось бы долго сохранить; и как ни мучительно это было генеральному стряпчему, его долгом было сообщить архиепископу Кентерберийскому доктору Банкрофту, что молодой человек не только находится сейчас в Лондоне, но и твердо намерен оставаться в католическом вероисповедании. Тоби, красивый, остроумный, до нынешнего возвращения не слишком глубоких познаний, уехал против воли родителей в Европу путешествовать, жил во Флоренции, в Сиене, в Риме и теперь прекрасно говорил по-итальянски. Во время своих странствий и, возможно, под влиянием иезуитов Тоби повзрослел, и хотя Фрэнсис не мог простить ему его католического отступничества, это был именно тот интеллект, в котором он так нуждался, чтобы помочь ему выйти из очередного приступа меланхолии и начать обсуждать «Cogitata et Visade Interpretatione Naturae» («Мысли и заключения относительно истолкования природы», латинского трактата, над которым Фрэнсис сейчас трудился), а также поддержать его замысел другого большого сочинения, которое он замыслил и которое пока предпочитал называть «Instauratio Magna» («Великое восстановление наук»).
К сожалению, все попытки ученых богословов, включая и архиепископа Кентерберийского, убедить Тоби отречься от нового вероисповедания оказались тщетными, и Тоби заключили в тюрьму Флит. Однако Фрэнсис, как обнаружили досужие хроникеры-любители, продолжал с ним видеться. «Тоби позволено посещать сэра Фрэнсиса Бэкона в сопровождении своего тюремщика в любое время, когда бы он того ни пожелал, так что у него есть надежда на дальнейшие послабления». Так писал Дадли Карлтон своему корреспонденту Джону Чемберлену. 3 октября 1607 года Тоби исполнилось тридцать лет, а поскольку через месяц, 5 ноября, наступала вторая годовщина Порохового заговора, Фрэнсис хорошо понимал, что близость этих дат может навредить его молодому другу в глазах властей. В письме к Тоби, написанном, вероятно, в это время, но без указания даты, Фрэнсис говорит: «Не думайте, что я забыл Вас или что мое отношение к Вам изменилось. Но для того, чтобы помочь Вам, я должен обладать большим влиянием, чем я имею сейчас. То, о чем мне рассказывают, глубоко меня огорчает: по слухам, Вы становитесь все более резким и нетерпимым, что вызывает у меня величайший страх за исход дела, которое вообще не должно было возникать. Лично у меня нет сомнений, что Вы оказались злосчастной жертвой людей, которые ввели Вас в искушение; но то, что вызывает у меня сострадание, другие склонны сурово осудить… И я всем сердцем прошу Вас: задумывайтесь иногда о том, какую страшную роль в пресловутом Пороховом заговоре сыграла ересь; ведь если до конца это осознать, то иначе как адом на земле задуманное заговорщиками злодейство не назовешь; и потому мы справедливо осуждаем язычников, ибо ересь хуже, чем безбожие; не иметь Бога вообще гораздо меньшее зло, чем не почитать его божественное величие и благо. Дорогой мистер Мэтью, сойдите с пути, ведущего к гибели».
