Череда событий, произошедших в Вене во время его отсутствия, окончательно укрепила нелюбовь Франца Фердинанда к императорскому двору в целом и в частности к принцу Альфреду де Монтенуово (Alfred de Montenuovo), императорскому обергофмейстеру и лорду верховному камергеру. Лежал ли в основе дальнейших событий непредсказуемый темперамент эрцгерцога? Или опасения людей, видевших в эрцгерцоге или опасного либерала, который стремился разрушить старый порядок, или фанатичного реакционера, представлявшего опасность стабильности трона? Или причиной стали болезни эрцгерцога, побудившие многих списать его со счетов? В случае последнего варианта эрцгерцог предполагал, что его «враги при дворе и в политике», пользуясь его заболеванием, хотели «изолировать его» и «сделать его импотентом». Монтенуово, думал Айзенменгер, с радостью воспримет «самые жесткие меры» и уже видит эрцгерцога «среди мертвых». Он объединился вместе с министром иностранных дел графом Агенором Голуховским (Agenor Goluchowski) в попытке устранения Франца Фердинанда и возведения на престол его младшего брата Отто.
Идея была абсурдной. К 1896 г. Отто признавался всеми как самый бесчестный из эрцгерцогов Дома Габсбургов, «один из самых страшных живущих людей», — утверждал один аристократ. После его брака без любви на принцессе Марии Йозефе (Maria Josepha), дочери короля Саксонии Георга, Отто был крайне неверным супругом и даже не пытался скрывать факты посещения борделей и соблазнения женщин по всей столице. Франц Иосиф отказался вмешиваться. Он всегда отдавал предпочтение Отто перед холодным Францем Фердинандом и прощал поведение своего племянника, говоря, что это не более чем «юношеские глупости».
В Хоффбурге Франц Фердинанд имел лишь несколько небольших комнат; Голуховский уговаривал императора, чтобы отдать Отто огромный дворец Аугартен, чья внушительная резиденция хорошо подходила для возможного наследника престола. Франц Фердинанд игнорировался, а Отто получил дом и личных слуг. Франц Фердинанд оставался в тени, а Отто выполнял общественные обязанности от имени императора и даже принимал официальные отчеты министров правительства. В 1896 г., когда царь Николай II и его жена приехали с официальным государственным визитом в Вену, Франц Фердинанд был демонстративно исключен из списка лиц, допущенных на императорские приемы и ужин; в следующем году для ответного визита в Санкт-Петербург Франц Иосиф взял с собой вместо Франца Фердинанда Отто.
