После прогулок по музеям, посещения пирамид и совершения покупок на каирском базаре эрцгерцог взял в аренду лодку для совершения путешествия по Нилу. На первых порах это принесло приятную смену декораций: широкое и спокойное течение реки, нищие дети, собирающие прибрежный камыш, луна, поднимающаяся над древними монументами. На борту судна проходили даже выступления группы танцовщиц, хотя Франца Фердинанда это и не забавляло. Со временем его лодка стала для него похожей на тюрьму. «Если бы кто-нибудь знал, как я страдал от одиночества на борту этого орудия пытки XIX века! — писал он своей мачехе. — Нельзя описать словами, как я скучал по вам все это долгое время… А теперь я целую ваши руки и безумно жду вашего прибытия, которое спасет меня от этого бреда сумасшедшего!»
Его состояние постепенно улучшилось, хотя эрцгерцог порядком уже устал от своей болезни. Он совершил путешествие в Ривьеру, где завел дружбу с больным туберкулезом великим князем Георгием Александровичем, братом царя Николая II. Он был очень удивлен тем, что Георгий мог делать все, что ему вздумается, в то время как его жизнь находилась под контролем Айзенменгера. «Он ходит в казино, в театр и на балы, — жаловался он Айзенменгеру, — в то время как я живу фактически под замком. Я не буду больше подчиняться!» Но заботами Айзенменгера Франц Фердинанд был фактически спасен, в то время как великий князь в конце концов умер, однако эрцгерцог видел только негативные стороны своей изоляции. Газетная вырезка из будапештской газеты, попавшая к нему в руки, ничем не улучшила его настроения. В статье сообщалось, что эрцгерцог серьезно болен; если он умрет — венгерские борцы за свободу будут счастливы. «Для меня это является решительно непонятным, — писал он в гневе. — И такое возможно только в Венгрии, когда одной из самых читаемых газет страны, в которой еще правит монархия, разрешается на своих страницах печатать такой унизительный текст, позорящий Правящий Дом». Это событие лишь еще больше укрепило его предубеждение к своим будущим венгерским подданным.
В мае 1896 г. медицинская ссылка уступила место семейной необходимости. Карл Людвиг со своей семьей после посещения Франца Фердинанда в Египте предпринял путешествие в Палестину. Там, игнорируя предупреждения и находясь, по всей видимости, в религиозном экстазе, он пьет воду из реки Иордан; в Вену он возвращается уже больным тифом. Сообщение от мачехи заставило Франца Фердинанда срочно сесть на экспресс, идущий домой, но, прежде чем он добрался до Вены, пришло известие, что его отец скончался. Смерть отца в сочетании с болезнью и напряженной обстановкой в Вене чуть не сломили Франца Фердинанда. Опасаясь рецидива, императрица поспешила отослать эрцгерцога подальше от столицы, чтобы продолжить его лечение.
