Министерство госбезопасности начало собирать компромат против «ленинградцев» только тогда, когда они были низвергнуты с политического олимпа. Сам Абакумов был в хороших, дружественных отношениях с Кузнецовым. После ареста Виктору Семеновичу это вменили в вину. За министром следили, и агентура докладывала Сталину, что Виктор Семенович и Алексей Александрович дружили семьями. И Сталин решил испытать министра, поручив ему разработать обвинения против «ленинградцев», инкриминировать старому другу расстрельную статью. Но Абакумов все же попытался помочь Кузнецову, стремясь отвести от него наиболее опасное обвинение в шпионаже. На допросе бывший следователь Комаров показал: «Когда я доложил Абакумову план расследования дела Кузнецова и заговорил про шпионаж, тот, расхаживая по кабинету, принялся рассуждать вслух: «Собственно, какой у этих арестованных шпионаж? Они давно на виду, постоянно находились под охраной МГБ, каждый их шаг был известен… Начни мы ставить вопросы об их связи с заграницей, в ЦК будут смеяться…»
Абакумов часто говорил мне: «Мы солдаты, что прикажут, то и должны делать». Оттого я и не стал допрашивать Кузнецова про шпионаж – кто же осмелится пойти наперекор министру?»
Вероятно, среди прочего, Абакумов опасался, что МГБ могут обвинить в «попустительстве шпионам», после чего его самого легко могут посадить на одну скамью подсудимых с Кузнецовым.
Обвинительное заключение, составленное на основании показаний, добытых людьми Абакумова, и отредактированное Сталиным, в частности, гласило: «Кузнецов, Попков, Вознесенский, Капустин, Лазутин, Родионов, Турко, Закржевская, Михеев признаны виновными в том, что, объединившись в 1938 году в антисоветскую группу, проводили подрывную деятельность в партии, направленную на отрыв Ленинградской партийной организации от ЦК ВКП(б) с целью превратить ее в опору для борьбы с партией и ее ЦК… Для этого пытались возбуждать недовольство среди коммунистов Ленинградской организации мероприятиями ЦК ВКП(б), распространяя клеветнические утверждения, высказывали изменнические замыслы… А также разбазаривали государственные средства (на организацию злосчастной Ленинградской ярмарки. – Б. С.)». Насчет Кузнецова Сталин собственноручно вписал в текст обвинительного заключения фразу о том, что он, «обманным путем пробравшись в ЦК ВКП(б)… повсюду насаждал своих людей – от Белоруссии до Дальнего Востока и от Севера до Крыма». Родионов предлагал не только создать Компартию Российской Федерации, но и учредить собственный российский гимн и флаг – традиционный триколор, но с серпом и молотом. Этого хватило, чтобы приписать подсудимым «русский национализм», намерение перенести столицу из Москвы в Ленинград и чуть ли не отделить Российскую Федерацию от СССР.
