Однако Сталин не торопился выводить в расход руководство авиапрома и главкома ВВС. Ведь войну советская авиация все-таки выиграла, используя преимущественно те самолеты, которые поставлял наркомат авиационной промышленности. С другой стороны, начиналась «холодная война», в которой главным потенциальным противником становились США. А американская авиация обладала весьма значительным качественным, равно как и количественным превосходством над советской авиацией. В этих условиях особенно важным становилось повышение качества советской авиатехники. Сталин потребовал от Абакумова перепроверить собранные данные и выяснить масштабы злоупотреблений в авиапроме.
16 марта 1946 года была создана Государственная комиссия по ВВС во главе с заместителем министра Вооруженных Сил и членом Политбюро Н. А. Булганиным. В состав комиссии вошли секретарь ЦК ВКП(б) Г. М. Маленков, начальник Генштаба маршал А. В. Василевский, Главком Сухопутных войск маршал Г. К. Жуков, а также три маршала авиации – С. И. Руденко, К. А. Вершинин и А. Е. Голованов.
Комиссия первоначально проверяла показания, данные бывшим командующим 12-й Воздушной армией маршалом авиации С. А. Худяковым (настоящее имя – Арменак Ханферянц), арестованным еще в декабре 1945 года. Его обвиняли в шпионской связи с англичанами, в службе в дашнакском отряде в 1918 году и участии в расстреле 26 бакинских комиссаров, в проживании по фальшивым документам и в злоупотреблении служебным положением, выразившимся в незаконном присвоении трофейных ценностей в Германии и Маньчжурии… Примечательно, что ордер на арест маршала оформили лишь в марте 1946 года, а обвинение в измене Родине и злоупотреблении служебным положением предъявили 22 августа того же года. Арестован же он был в Чите еще 14 декабря 1945 года.
От Худякова были, среди прочих, взяты показания против Новикова. Худяков охотно показал, что командование ВВС принимало от наркомата авиапромышленности дефектные самолеты и моторы. Самому Сергею Александровичу это преступление все равно не инкриминировалось, и он надеялся, что помощь следствию ему зачтется. Тем не менее расстрела избежать Худякову не удалось. Его казнили 18 апреля 1950 года, а реабилитировали в августе 1954 года. Возможно, Сталин хотел использовать дело Худякова-Ханферянца против Анастаса Микояна, который также был одним из руководителей Бакинской коммуны в 1918 году, но счастливо избежал расстрела. При желании можно было бы пристегнуть и Берию, который тогда служил секретарем Бакинского Совета. Однако Берию в тот момент Сталин убирать явно не собирался. Да и с Микояном решил погодить. Так что Худякова судили и расстреляли в одиночку.
