Спустя несколько месяцев провели учебный бой «Спитфайра IX» с трофейным «Фокке-Вульфом». Оказалось, что характеристики самолетов очень похожи, поэтому исход боя зависел от того, на чьей стороне окажется тактическое преимущество.
Серийно выпуск «Спитфайра IX» начался в июне 1942 года, до конца месяца удалось собрать 18 машин.
В конце августа 1942 года люфтваффе предприняло новую наступательную операцию против Великобритании с использованием высотных бомбардировщиков Ju 86R. Но англичане уже располагали некоторым числом истребителей «Спитфайр IX», которые, несмотря на отсутствие гермокабины, могли вести активный бой на больших высотах. В Нортхолте сформировали звено особого назначения, которое занималось перехватом бомбардировщиков Ju 86R. Самолеты «Спитфайр IX», служившие в звене, подверглись переделке. С них сняли все лишнее, включая бронирование и четыре пулемета, оставив только две 20-мм пушки. Самолеты оснастили более легкими винтами и редукторами с более низким передаточным числом, оптимизированные для работы на больших высотах. Их окрасили светло-голубой краской, подобной той, что применялась на высотных разведчиках. Модифицированный таким образом «Спитфайр IX» имел взлетную массу всего 3154 кг, то есть был на 204 кг легче стандартного варианта. 12 сентября 1942 года пайлот-офицер Эммануил Галицин перехватил на модифицированном «Спитфайре IX» «Юнкере Ju 86R» в районе Саутгемптона на высоте 12500 м и преследовал до высоты 13100 м. Немецкий бомбардировщик получил повреждения, но сумел оторваться от преследования. Бой показал, что Ju 86R уже не могут безнаказанно летать над Англией. Кроме того, этот бой стал самым высотным боем за всю историю Второй Мировой войны.
До того как начался серийный выпуск фоторазведчиков с двигателем «Мерлин 61», в Бенсон оснастили фотокамерами 15 серийных истребителей Mk.IX. С самолетов сняли вооружение и заделали отверстия для стволов. В хвостовой части крыла смонтировали две фотокамеры, а на носу установили маслобак большого объема. Самолеты, обозначенные как PR.IX приступили к боевым вылетам в ноябре 1942 года.
Весной 1943 года появились истребители «Спитфайр IX» с двигателем «Мерлин 66». Этот мотор отличался от двигателей 61-й и 63-й серий тем, что обе ступени наддува включались раньше, на меньших высотах. В результате «Спитфайр IX» уже ни в чем не уступал Fw 190. Первоначально этот вариант специально никак не обозначался, но позднее его стали называть Mk.IXB, тогда как ранние самолеты с двигателями «Мерлин 61» и «63» получили обозначение Mk.IXA. Некоторые авторы ошибочно утверждают, что литеры «А» и «В» обозначали различное вооружение самолета.
