Во второй половине XVII века на территории монастыря параллельно северо-восточной стене были возведены двухэтажные корпуса келий. Звонница была расширена пристройкой с южной стороны и надстроена площадкой звона, завершавшейся двумя шатрами. С севера к собору пристроили закрытую паперть с палаткой, где размещалась монастырская библиотека, среди книг которой хранился сборник, содержавший величайшее творение древнерусской литературы – "Слово о полку Игореве".
Превращение монастыря в 1787 году в архиерейский дом – резиденцию архиепископов, переведенную из Ростова в губернский город, вызвало волну переделок, нарушивших целостность ансамбля.
Значительная часть крепостных стен была перестроена в декоративную каменную ограду. На юго-восточном и юго-западном углах появились круглые башенки в ложноготическом стиле. Такое же по стилю завершение получила надстроенная в 1809-1823 годах звонница. К югу от собора была сооружена громоздкая церковь Ярославских чудотворцев (1827-1831), в северо-восточной части сохранились фрагменты древней постройки.
В 1918 году сооружения монастыря были повреждены артиллерийским обстрелом. После реставрационных работ в 1920-х и 1950-х годах многим зданиям вернули первоначальный вид.
Памятники в древней части города. На главной площади Ярославля, ранее называвшейся Ильинской, стоит один из самых прославленных памятников (русского зодчества и искусства XVII столетия – Ильинская церковь. Это сложное по композиции здание соединяет в себе главный храм во имя Ильи Пророка, небольшой северный придел, южный Покровский придел с трапезной, увенчанную шатром церковь Ризположения, колокольню, галереи, крыльца. Здание поднято на подклет. Главный храм венчается пятиглавием. В прошлом он имел позакомарное покрытие, отчего казался еще более стройным и высоким.
Ильинская церковь строилась в 1647-1650 годах на деньги известных в те времена купцов Скрипиных, владевших огромными богатствами. Скрипины не жалели денег на строительство и украшение храма и пригласили лучших мастеров, талант и труд которых дали возможность Ильинскому храму занять достойное место в истории русского зодчества и искусства. Чтобы оценить архитектурные достоинства храма, нужно не торопясь обойти его вокруг. Благодаря своему сложному, не симметричному построению здание многолико и открывается по-разному с разных точек обзора. Следует обратить внимание на узорные детали крылец, висячие гирьки, стройные пропорции ризположенского шатра и кокошники в его основании.
