Все это — голод, указы о заповедных годах и сыске беглых вызвало ненависть простого народа к царю, усиливаемую слухами о причастности Бориса к отравлению Ивана Грозного, который был де гневен лишь на бояр, и к убийству в Угличе царевича Дмитрия. Знать тоже ненавидела Годунова, считая его узурпатором, худородным выскочкой, захватившего власть не по праву.
Нет прямых улик свидетельствующих о причастности Бориса Годунова к убийству Дмитрия. Но он был прямо заинтересован в этом убийстве и это подтверждается его действиями, направленными на устранение соперников. Например: 1). В 1586 г. князь, воевода и боярин Иван Фёдорович Мстиславский был взят под стражу, сослан в Кирилло–Белозерский монастырь, где умер в это же году. Вслед за Мстиславским опале подверглись князья Шуйские и их сторонники. Был схвачен воевода и боярин Иван Петрович Шуйский, герой обороны Пскова, сослан на Белоозеро, удушен по приказу Годунова в 1588 г. Вместе с ним был удушен и Андрей Иванович Шуйский. Гонениям и казням были подвергнуты сторонники и Мстиславского и Шуйских. 2). В царствование Фёдора из Ливонии была обманом вызвана вдова ливонского короля Магнуса Мария Владимировна с двухлетней дочерью Ефвимией. Мария Владимировна была дочерью Владимира Андреевича, двоюродного брата Ивана Грозного, казненного вместе с женой и двумя сыновьями в 1569 г. Несчастная вдова была силою пострижена в инокини и заключена вместе с дочерью в Подсосенском монастыре вблизи Троице–Сергиева. Ее дочь вскоре умерла, как все думали неестественной смертью (В этом же монастыре после смерти самозванца поселилась Ксения Борисовна Годунова). 3). После гибели царевича Дмитрия Нагие были обвинены в поджоге Москвы и отправлены в тюрьму. Вдову Грозного насильно постригли и сослали на Белоозеро. 4). Сведенный с "великого княжения" Симеон Бекбулатович (Хан Касимова в 1567–1573 гг. Вел. кн. всея Руси в 1575–1576 гг.) получил в удел Тверь и Торжок. При Годунове попал в опалу, удел был отнят и бывший "великий князь" был сослан в ссылку в село Кушалино, где он быстро ослеп. По приказу Лжедмитрия I, также увидевшем в бывшем великом князе угрозу, Симеон был пострижен и увезен в Кирилло–Белозерский монастырь. 5). Летом 1601 года опала постигла семейство Романовых и родственных им боярских семейств. Всех пятерых Никитичей — Фёдора, Александра, Василия, Ивана и Михаила, двоюродных братьев покойного царя Фёдора I Ивановича, схватили и, обвинив в намерении отравить Бориса Годунова, подвергли наказанию. Фёдора Никитича и его жену Ксению Ивановну, родителей будущего царя Михаила Романова, постригли и сослали в дальние обители. Александра Никитича лишили боярского звания, сослали в ссылку и там удавили. Михаила Никитича уморили в ссылке голодом. Василия Никитича сослали в Пелым, там, заключив его в темницу, приковали к стене. Не выдержав тяжести заключения, он вскоре умер. Родственников Романовых сослали в остроги и темницы, конфисковав имущество. 6). Было запрещено жениться боярам Фёдору Ивановичу Мстиславскому, будущему главе Семибоярщины, и Василию Ивановичу Шуйскому, будущему царю.
