Шла Крымская война. Боевые действия велись и на востоке. В Петропавловске маленький гарнизон успешно отразил атаку соединённой англо-французской эскадры и сбросил в море вражеский десант, превосходивший по численности защитников. Муравьёв, опасаясь, что при новом нападении усиленной эскадры противника гарнизон на Камчатке не сможет устоять, приказал камчатскому военному губернатору Василию Завойко перебросить защитников Петропавловска и их семьи в устье Амура.
По прибытии на Амур генерал-губернатор узнал, что англо-французская эскадра высадила десант в Де-Кастри, но русских там не застала. Союзники, разграбив всё, что можно, удалились. Муравьёв был крайне возмущён тем, что казаки и артиллеристы, находившиеся в соседнем Мариинском посту, предпочли отсидеться, а не вступить в схватку пусть даже с многократно превосходившим противником.
Обладая соответствующими правами в военное время, генерал-губернатор приказал арестовать их начальника, казачьего офицера Алексея Константиновича Имберга, и расстрелять его. Для есаула уже готовили могилу, разогревали кострами землю. Спасла офицера Екатерина Николаевна, которая уговорила мужа не делать этого. Казаков снова отправили в Де-Кастри искупать свою вину в случае появления там неприятеля, назначив им командиром сопровождавшего Муравьёвых казачьего офицера Гавриила Дмитриевича Скобельцына.
В Мариинском посту состоялись переговоры Муравьёва с китайскими представителями. Когда пришло время возвращаться в Иркутск, Екатерина Николаевна подарила Скобельцыну на память золотую цепочку и велела передать для солдат всех домашних животных, находившихся в её хозяйстве, в том числе и хрюкающий подарок амбаня.
Когда происходила торжественная встреча Муравьёва с защитниками Петропавловска, среди героев находился и несчастный десятилетний мальчик-кантонист, которому во время боя осколком оторвало правую руку. Никакого пособия от правительства, несмотря на ходатайство Василия Степановича Завойко, ребёнок не получил. Жена губернатора взяла его под свою опеку, дала денег, помогла семье мальчика.
Возвращаться по Амуру было нельзя, река могла начать покрываться льдом. На американском парусном барке «Пальметто» за двадцать суток добрались до Аяна, а затем по печально знакомому тракту выехали в Иркутск.
Возвращаясь, Муравьёв взял с собой некоторых участников кругосветного плавания на фрегате «Паллада», в том числе и уже известного своими романами Ивана Александровича Гончарова. Писатель вспоминал, что жена генерал-губернатора «отличалась гуманностью, добротой и простотой. Она избегала пользоваться его выдающимся положением в Сибири и со своей стороны не заявляла никаких претензий на исключительное внимание подвластных мужу лиц».
