Екатерина Николаевна очень боялась коров, которые бродили по улицам Иркутска. Гончаров рассказал ей, что якутского губернатора, с которым он успел познакомиться, сопровождают два казака с пиками, чтобы охранять его от бродячих собак. Екатерина Николаевна возразила, что «предпочитает вовсе не ходить по улицам, чем лично для себя пользоваться услугами солдат и других лиц, зависящих от её мужа».
Многомесячные поездки в тяжелейших условиях не прошли бесследно ни для здоровья Екатерины Николаевны, ни для её мужа. Она уезжала лечиться во Францию, а Николай Николаевич ещё трижды, уже без неё, совершил плавание по Амуру, осмотрел береговую линию Приморья. Он дал названия будущим городам Владивостоку и Находке. На судах Сибирской флотилии Муравьёв побывал в Китае и Японии, едва не погиб на фрегате «Аскольд» во время урагана особенной силы. Из последней поездки он вернулся по покрытому льдом Амуру на собачьей упряжке. Николай Николаевич заключил в 1858 году основополагающий Айгунский договор с Китаем, по которому к России отошли территории по рекам Амур и Уссури. Екатерина Николаевна присутствовала при этом знаменательном событии и тоже внесла свой, конечно, официально не отмеченный, вклад в подготовку подписания договора.
Два ближайших сподвижника Муравьёва, Невельской и Завойко, уехали в Петербург сразу же после окончания Восточной войны. Муравьёв продолжал служить в Сибири ещё пять лет после их отъезда. За исключительные заслуги перед отечеством его возвели в графское достоинство с наименованием графом Муравьёвым-Амурским, наградили высшими орденами империи, произвели в генералы от инфантерии. В 1861 году он подал прошение об отставке с поста генерал-губернатора. Его назначили членом Государственного совета и разрешили жить за границей.
Муравьёвы уехали в Париж, где весьма скромно прожили двадцать лет. По воспоминаниям современников, Николай Николаевич любил Францию, но только республиканскую. Он терпеть не мог аристократов, да и вообще людей, кичившихся богатством или родовитостью. Недолюбливал он и англоманов, к которым относил адмирала Ефима Васильевича Путятина. Тот был женат на англичанке и слыл приверженцем английских порядков.
Екатерина Николаевна всегда хранила любовь к своему второму отечеству и сердечно привечала русских в своём доме, особенно бывших амурцев. Николай Николаевич настолько близко принимал к сердцу всё, касающееся Амура, что никогда не простил Воину Андреевичу Римскому-Корсакову, к которому относился очень уважительно, довольно безобидные слова из рапорта. Тот, уже командуя не шхуной «Восток», а корветом «Оливуца», написал в донесении, что на обратном пути с Амура в Кронштадт, устроив из парусов баню, он первый выпарился в ней, смыв с себя амурскую грязь.
