Население Ионических островов встречало русских как освободителей, помогая им в борьбе против французов. После изгнания французов на островах были созданы органы самоуправления. Ф.Ф. Ушаков оставил им в помощь небольшие отряды (по 25 человек). Адмирал написал вице-президенту Адмиралтейств-коллегий Г.Г. Кушелеву о желании населения освобожденных Ионических островов остаться под русским управлением, а также с просьбой о присылке на эскадру историографа, художника и переводчика.
3 ноября Ф.Ф. Ушаков направил Г. Нельсону письмо с извещением об освобождении от французов островов Цериго, Занте, Кефалония, Св. Мавры и начатой блокаде острова Корфу. В нем он просил также сообщить «о местопребывании вашем с английскою эскадрою и какие вами в той стороне чинятся предприятия и деятельности...»
Полномочный министр при неаполитанском правительстве В.В. Мусин-Пушкин-Брюс 6 ноября сообщил Ф.Ф. Ушакову просьбу неаполитанского правительства об оказании содействия неаполитанским войскам. Ушаков ответил ему о возможности перехода эскадры к Анконе лишь после взятия Корфу и ремонта кораблей эскадры.
9 ноября эскадра Ф.Ф. Ушакова («Св. Павел», «Мария Магдалина», фрегаты «Св. Николай» и «Счастливый») пришла к Корфу и встала на якорь в бухте Мисанги. У острова Св. Мавры остались линейный корабль «Св. Петр» и фрегат «Навархия» для установления порядка на острове.
Союзные русско-турецкие силы у Корфу насчитывали всего восемь линейных кораблей, семь фрегатов и малых судов. Остальные суда в составе небольших отрядов находились у берегов Египта, Морей и Ионических островов.
Остров Корфу — самый северный и самый крупный в Ионическом архипелаге, служил базой французов в северо-восточной части Средиземноморья. Он был наиболее укреплен. В июне 1797 г. в порт острова вошла французская эскадра, доставившая более трех тысяч человек, составивших гарнизоны оккупированных островов. В своих дальнейших захватнических планах в восточном Средиземноморье Бонапарт отводил Корфу роль опорной базы своих морских и сухопутных сил.
Крепость Корфу, построенная венецианцами и модернизированная французами, считалась одной из сильнейших крепостей на Средиземном море. Она была расположена на скалистом полуострове, выдвинутом в пролив Корфу. На восточной оконечности полуострова — мысе Сидеро, круто поднимающемся над морем на 64 м, находилась цитадель (Старая крепость), отделенная от города глубоким каналом, через который был переброшен подъемный мост. Город Корфу был также окружен глубоким рвом и высоким двойным валом с бастионами.
