29 октября корабль «Богоявление Господне» взял в плен французскую 18-пушечную шебеку. Ее назвали «Макарий» и включили в состав эскадры.
Быстрому освобождению крепостей Св. Мавры и Корфу препятствовали враждебные действия Али-паши Янинского. Этот наместник султана в Эпире был неограниченным властителем земель на восточном побережье Адриатического моря, фактически независимым от турецкого правительства. Он имел около 10 тысяч пехоты и 3 тысяч конницы, а при необходимости мог довести численность пехоты до 40 тысяч и конницы — до 10 тысяч. Али-паша стремился использовать войну для расширения своих владений. Он тайно вел переговоры с французскими гарнизонами крепостей, предложив им заключить союз против русских и сдать крепости Св. Мавры и Корфу ему. Надежда на поддержку Али-паши продлила сопротивление французов. Али-паша сам пытался захватить французские владения в Эпире. В октябре 1798 г. его войска заняли и разграбили город Превезу. Русскому адмиралу удалось путем дипломатических переговоров с Али-пашой помешать осуществлению его планов. По просьбе населения Ф.Ф. Ушаков объявил города Паргу, Бутрино, Превезу и Воницу находящимися под покровительством России и Турции.
Ф.Ф. Ушаков 21 октября направил Павлу I рапорт об освобождении островов Кефалонии и Св. Мавры и следовании соединенной эскадры к острову Корфу для его блокады.
21 — 23 октября эскадра Ф.Ф. Ушакова перешла к острову Кефалония. Здесь им было получено сообщение от Д.Н. Сенявина, что на острове Св. Мавры гарнизон более чем в 500 человек своими силами расположенную на крутом утесе, окруженном со всех сторон водой, крепость взять не сможет. Поэтому Ф.Ф. Ушаков направил 28 октября к Корфу на помощь отряду И А Селивачева корабль «Св. Троица» с двумя турецкими фрегатами под командованием капитана 2-го ранга И.С. Поскочина. Эти суда прибыли к Корфу 31 октября 1798 г.
С остальными кораблями Ф.Ф. Ушаков 29 — 31 октября перешел к острову Левкада (Св. Мавра), которую блокировал А.Н. Сенявин. Авизо «Красноселье» (лейтенант А.М. Рябинин) остался как брандвахтенный пост у острова Кефалония. 2 ноября после 10-дневной осады и бомбардировки крепость Св. Мавры капитулировала,
В крепостях освобожденных островов союзники взяли много трофеев. Пленные гарнизоны были перевезены в Патрас и оттуда отправлены в Константинополь. Гарнизон острова Китира (Цериго) и офицерский состав других гарнизонов были отпущены на родину с обязательством не участвовать в войне против союзников. 26 октября русский фрегат «Счастливый» и турецкий фрегат, приняв пленных французов, направились к полуострову Морея.
