С суши город был защищен Новой крепостью с укреплениями в скале и тремя фортами — Сан-Авраам, Сан-Роке и Сальвадор, соединенными подземными ходами. С моря крепость прикрывалась высоким скалистым островом Видо, служившим ключевой позицией ее обороны. На нем располагались пять мощных батарей и центральный редут, соединенные засеками. Ушаков назвал Видо ключом Корфу.
Гарнизон крепости Корфу, которым командовал дивизионный генерал А.Ф.Ж. Шабо, состоял из 3,7 тысячи человек (в том числе на острове Видо под командой генерала Пиврона — 821 человек). В Корфу и на острове Видо имелись 650 орудий разных калибров. Гарнизон был обеспечен полугодовым запасом продовольствия.
Линейные корабли «Женере», «Леандр» и фрегат «Брюн», стоявшие вместе с мелкими судами в гавани Мандракио, своим огнем могли содействовать обороне крепости с моря. Они имели на борту более 200 орудий, экипажи насчитывали около 1,5 тысячи моряков.
Отсутствие достаточного количества сухопутных войск и осадной артиллерии вынудили Ф.Ф. Ушакова в ожидании прибытия остальных отрядов установить тесную блокаду крепости с суши и моря. Подготовку к взятию крепости начали с постройки на берегу вблизи укреплений крепости осадных батарей.
Адмирал 10 ноября направил B.C. Томаре письмо, в котором сообщал о недостатках в снабжении эскадры продовольствием и об отсутствии средств для обмундирования личного состава эскадры.
12 ноября французский корабль «Женере», выйдя из порта Корфу, открыл огонь по «Св. Троице». Увидев, что на помощь русскому кораблю двинулся «Захарий и Елизавета», французский корабль ушел под прикрытие береговых батарей. Через полчаса он вышел другим проходом и начал перестрелку со «Св. Павлом», но, получив повреждения, вернулся в порт.
14 ноября на берег к северу от крепости был отправлен отряд в 128 человек под командой капитана Кикина и лейтенанта Ганфельда. Этот отряд занял холм у деревни Мандуккио, против форта Сан-Авраама, и построил там батарею из 9 орудий. В ту же ночь отряд отразил вылазку, произведенную большими силами неприятеля.
Через два дня с южной стороны крепости был высажен другой небольшой отряд — лейтенанта Ратманова с 13-ю морскими солдатами и 6-ю артиллеристами. Отряд этот построил при помощи вооруженных жителей батарею (две пушки и гаубица) на холме св. Пантелеймона. Эти две батареи, несмотря на свою слабость, сильно беспокоили французов. И комендант крепости решил их уничтожить.
Сам генерал Шабо утром 20 ноября повел из крепости на холм св. Пантелеймона отряд в 600 человек с двумя орудиями. Вооруженные корфиоты числом до 1,5 тысячи дрогнули под стремительным натиском неприятеля и бросились бежать. 17 наших солдат были захвачены в плен, два спаслись на шлюпке. Три наших орудия достались французам.
