Один из драматических эпизодов в истории борьбы духовных и светских феодалов произошел в 60-х годах XVII в. Конфликт между генерал-губернатором Диего Сальседо и архиепископом Поблете разгорелся из-за попыток губернатора ограничить участие орденов в галионной торговле. В него вмешался комиссар инквизиции на Филиппинах августинец Хосе Саманьего. В 1668 г. он потребовал ареста генерал-губернатора и передачи его «дела» в суд инквизиции, обвинив Сальседо в склонности к протестантству, взяточничестве и тайных ростовщических сделках. На имущество губернатора (оцененного в 700 тыс. песо) был наложен секвестр, а сам он был схвачен в губернаторском дворце вооруженными монахами-францисканцами. Арестованного генерал-губернатора держали некоторое время во францисканском монастыре, прикованного цепями к стене, затем переправили в монастырь августинцев в Интраму-росе. Его имущество было расхищено орденами. Лишь в 1670 г. тяжело больного Сальседо отправили в Мексику; по дороге туда он умер. Под давлением светских властей действия Саманьего разбирались в Совете Индий. Примечательно, что Совет выдвинул по существу единственное обвинение в адрес комиссара инквизиции — действия без санкции мексиканского трибунала, не возражая в принципе против практики применения церковными властями таких мер в отношении представителей светской администрации, как судебные разбирательства, аресты и т. п. Саманьего был отстранен от должности и в 1674 г., подобно своей жертве, умер на пути в Мексику.
В XVIII в. церковь также неоднократно выступала против попыток ограничения ее влияния и произвола, столь же решительно расправляясь со своими противниками. Так, в 1719 г. в результате монашеского заговора был убит в собственном дворце монахом-францисканцем генерал-губернатор Филиппин Фернандо Бустаменте, сторонник усиления светской власти, арестовавший архиепископа и нескольких крупных церковных сановников по обвинению в коррупции и нарушении королевских указов.
Если в борьбе со светскими властями церковь действовала как монолитная сила, то в самом лагере церковников существовали острые противоречия между различными фракциями католического духовенства. Особое положение религиозных орденов в системе эксплуатации Филиппин вызывало недовольство секулярного духовенства. Начиная с первого манильского епископа Саласара католические прелаты старались подчинить ордена контролю архиепископа и епископов, которые официально представляли высшую духовную власть в колонии. Верховное руководство церковным управлением было передано епископам в конце XVI в. (по указу Филиппа II 1583 г.). В 1622 г. папа Григорий XV подтвердил приоритет власти епископов, которым предоставлялось право контроля как над выполнением религиозных функций, так и над всей деятельностью приходских священников. На практике же управление приходами, включая все сферы их деятельности (духовной, административной, хозяйственной, финансовой), целиком сосредоточивалось в руках руководства орденов, яростно сопротивлявшихся попыткам установления контроля со стороны епископов. Борьба между фракциями черного и белого духовенства проходит красной нитью через историю Филиппин XVII–XVIII вв. В конфликтах с орденами архиепископы и епископы нередко обращались к помощи светской администрации. В отдельных случаях представители белого духовенства заставляли монахов подчиняться центральной церковной власти, но в целом были бессильны подорвать могущество многочисленных и сплоченных орденских организаций.
