Другим направлением религиозной деятельности орденов была организация духовных миссий по обращению в католичество еще не христианизированных племен и народов. Миссионерской деятельностью были заняты главным образом те ордена, которые не располагали достаточным числом высокодоходных приходов. В XVII–XVIII вв. августинцы и францисканцы почти не имели миссий, в то время как доминиканцы, иезуиты и реколеты занимались миссионерской деятельностью весьма активно. Миссии не только служили центрами распространения христианства, но и районами, где создавались орденские поместья. В смысле извлекаемых прибылей миссии значительно уступали приходам, так как организовывались в экономически отсталых и слабо населенных районах. Кроме того, миссионерская деятельность была связана с немалым риском, поскольку протекала в основном в пограничных районах. Нередки были случаи убийства миссионеров и их обычно небольших военных эскортов. Географически главными районами деятельности миссий были территории Северного Минданао и горные области Северного Лусона. Организация миссий иезуитов (с конца XVI в.) и реколетов (с начала XVII в.) в Северном Минданао была тесно связана с военной экспансией в южные мусульманские районы. Два основных миссионерских центра иезуитов располагались в Замбоанге и в районе Дапитан-Илиган с общим населением около 30 тыс. Миссионеры из ордена реколетов действовали главным образом в долине р. Бутуан и вдоль северо-восточного побережья п-ва Суригао (население этих территорий не превышало 20 тыс.). Уход испанцев из Замбоанги вынудил и монахов покинуть территории Северного Минданао. Миссии возобновили свою деятельность в 20-е годы XVIII в., после восстановления испанского контроля над северными районами острова.
Христианизацией населения Северного Лусона занимались в основном миссионеры-доминиканцы. Им удалось в XVII в. обратить в христианство жителей предгорий Восточного Илокоса, северных областей провинции Пангасинан и долины р. Кагаян. Однако горные районы этих провинций, населенные племенами, которых испанцы собирательно называли игоротами (горцы — на местных языках), оставались закрытыми для испанских миссионеров. Военные экспедиции (в 1608, 1635, 1663 гг.), которые должны были расчистить путь для монахов, из-за труднодоступности горных районов оказались малоуспешными.
В 70-е годы XVII в. испанцы создали нечто вроде буферных зон между равнинными территориями и горными районами для защиты христианизированного населения равнин от набегов воинственных горцев. В буферных зонах располагались военные посты и миссионерские центры, получившие название «действующих миссий». Буферные зоны служили районом довольно интенсивного товарообмена между жителями равнин и горных областей, несмотря на существовавшую взаимную вражду. Однако все усилия «действующих миссий», направленные к обращению в христианство язычников-игоротов, приносили столь же малые результаты, как и попытки военной экспансии. Пропаганда христианской религии не имела успеха среди горных племен прежде всего из-за их социально-экономической отсталости, господства у них первобытнообщинного строя с соответствовавшими ему доклассовыми религиозными представлениями. Сказывалась и исторически сложившаяся изоляция горных районов, традиционная враждебность горных племен, в свое время оттесненных с прибрежных равнин миграциями более сильных переселенцев, к жителям равнинных территорий, усиленная колонизацией и христианизацией последних. Контролем над приходами и организацией миссий далеко не исчерпывались многообразные функции католической церкви на Филиппинах, претендовавшей на всеобъемлющее господство в колонии. Обладая экономической и финансовой самостоятельностью, юридическим иммунитетом, собственной системой административного управления, церковь представляла собой силу, почти независимую от колониальной администрации. Ее стремление к полному освобождению от всякого контроля со стороны светской власти, расширению политического и экономического влияния, увеличению возможностей эксплуатации народных масс не могло не наталкиваться на сопротивление колониальной администрации. В борьбе между духовными и светскими отрядами испанских колонизаторов, нередко в течение XVII–XVIII вв. принимавшей характер острых конфликтов, перевес, как правило, оказывался на стороне церкви. Пытавшиеся ограничить всевластие церковников генерал-губернаторы, обладая по существу абсолютной властью в колонии, тем не менее становились обычно жертвами изощренной мести церковных магнатов. В борьбе со светскими властями все фракции католического духовенства выступали единым фронтом. Церковники пользовались богатым арсеналом методов и средств для «усмирения» генерал-губернаторов, угрожавших их влиянию к престижу. Прибегали к отлучению от церкви, незаконным арестам, конфискации имущества (путем наложения секвестра), организации заговоров и убийств.
