В договоре о капитуляции указывалось, что «все острова, зависимые от Лусона и Манилы… и находящиеся под властью Его Католического Величества», должны быть переданы «Его Британскому Величеству» вплоть до решения их судьбы после окончания войны и подписания мира между воюющими сторонами. Однако англичанам не удалось распространить свою власть даже на территорию Лусона. Продвижению английских войск мешали отряды сопротивления, организованные испанским чиновником Симоном де Анда, который бежал из Манилы в провинцию Булакан незадолго до сдачи города англичанам. Благодаря своей энергии и военным способностям Анда за короткий срок собрал значительные силы (до 6 тыс.) из местного населения (главным образом жителей провинции Пампанга и Булакан), сформировав несколько отрядов. Активную помощь Анда оказывали испанские монахи, опасавшиеся за свои позиции в колонии в случае ее отторжения от Испании. Филиппинских крестьян привлекала и умелая тактика Анда, в частности проведеннре им освобождение от наиболее тяжелых феодальных повинностей. Избегая крупных сражений, отряды Анда тревожили постоянными набегами войска англичан, расположенные в окрестностях Манилы, препятствуя их продвижению за пределы столицы.
Семилетняя война закончилась в 1763 г. внушительной победой Англии над ее главным соперником — феодально-абсолютистской Францией, вынужденной отказаться от своих владений в Индии. В результате войны были подорваны и колониальные позиции Испании. По условиям Парижского мирного договора, подписанного в марте 1763 г., англичане отторгнули от Испании Флориду и добились ряда торговых привилегий на южноамериканских рынках.
Оккупация Манилы была лишь незначительным эпизодом в истории английской колониальной экспансии. Нанеся удар Испании на Американском континенте, англичане в 1764 г. вернули Манилу испанцам (эвакуация английских войск с Филиппин закончилась в 1765 г.). Для испанцев военные события 1762–1764 гг. послужили серьезным уроком. Они продемонстрировали военно-экономическую слабость Испании, незащищенность азиатской колонии от иностранных вторжений.
Тревогу испанцев вызывала обстановка на юге архипелага. Еще до нападения англичан на Манилу английская Ост-Индская компания предприняла попытку проникнуть в султанат Сулу и укрепить там свои позиции. Английская политика в южных районах Филиппин также была связана с замыслами англичан по созданию опорных баз на морских путях из Индии в Китай. В январе 1761 г. в Холо прибыл секретарь мадрасского совета Ост-Индской компании Александр Далримпл и подписал договор «О дружбе и торговле» с султаном Муэзуддином, ратифицированный в сентябре 1761 г. Согласно этому договору, Ост-Индская компания получила территорию для строительства фактории и сеттльмента и обязательство от султаиа не допускать в страну европейских торговцев, за исключением англичан. Ост-Индская компания обязалась оказывать военную помощь Сулу в случае военных конфликтов с испанцами или голландцами. Далримплу удалось также заключить дополнительный сепаратный торговый договор с одним из местных влиятельных дато, по условиям которого английская Ост-Индская компания должна была доставлять ему товары из Индии.
