Не меньшую заинтересованность в колонизации архипелага проявляла католическая церковь, деятельность которой опиралась на военную и финансовую мощь государства. Ватикан по так называемому соглашению о королевском патронате передал испанским монархам верховную власть над «Церковью Индий» (т. е. в колониях Нового Света и на Филиппинах) и право на подбор кадров церковников для колониальных владений. Испанская же корона брала на себя все расходы по содержанию католического духовенства в колониях и предоставляла ему монопольное право на христианизацию населения завоеванных территорий. Эту функцию исполняли главным образом представители регулярного (черного) духовенства. Католические монахи, объединенные в религиозные ордена и братства, отличавшиеся дисциплинированностью и сплоченностью, были лучше подготовлены к миссионерской деятельности в колониальных странах, нежели представители секулярного (белого) духовенства. Жажда наживы, будь то стремление к личному обогащению или забота о процветании орденов, была главным мотивом религиозного рвения монахов, хотя, несомненно, были среди них и убежденные фанатики, искренне верившие в свою миссию «воинов христовых», готовые ради ее выполнения к любым невзгодам и лишениям.
На Филиппинах религиозные ордена были ударной силой испанского колониализма. Их «заслуги» в деле распространения и утверждения испанского господства на архипелаге высоко ценились короной. «В каждом монахе, — писал генерал-губернатор Филиппин начала XVII в. Антонио де Морга, — король имеет генерал-капитана и целую армию». Многое из опыта религиозной деятельности в Латинской Америке было перенесено на Филиппинские острова. Как и в отношении американских колоний, в обоснование законности завоевания Филиппин церковь выдвигала идею о необходимости освобождения «туземцев» от «власти дьявола», олицетворявшейся в «варварском» правлении местных вождей. На начальном этапе колонизации, когда перед испанцами стояла задача разрушения доколониальных традиций и институтов и ликвидации политического влияния местной эксплуататорской верхушки, религиозная пропаганда, направленная на «защиту» угнетенного населения, была весьма своевременна и шла на пользу колонизаторам. В 80-е годы XVI в. представители церкви выступили против существовавшего на островах домашнего рабства как аморального, противоречившего принципам христианства института. Речь шла о низшем слое зависимых общинников категории алипинг-сагигилид, принадлежавших бывшим дато и махарлика. Испанские конкистадоры также пользовались трудом домашних рабов, которых отбирали или покупали у местной знати. Прибывшему в Манилу в 1581 г. епископу Доминго де Саласару пришлось сразу же (епископство только что было учреждено в азиатской колонии) вступить в конфликт с генерал-губернатором, защищавшим интересы испанских колонистов и потому сопротивлявшимся отмене рабства. Конфликт закончился победой епископа. В 1588 г. Филипп II издал указ, запрещавший использование труда домашних рабов на Филиппинах, подтвержденный папской буллой 1591 г.
