Отсутствие на Лусоне и Висайских островах прочных государственных образований, способных оказать организованное сопротивление иностранной агрессии, позволило испанцам использовать относительно мирные методы при захвате территорий и покорении местного населения. Этот же фактор предопределил одну из существенных особенностей испанской колонизации Филиппин. В процессе завоевания физическому уничтожению подверглась лишь незначительная часть местной феодализирующейея верхушки, та, которая активно сопротивлялась испанской агрессии. В целом же эта верхушка была сохранена, хотя и лишилась традиционной власти в балангаях. Таким образом, уже на самой ранней стадии колонизации создавалась основа для превращения в будущем этого слоя населения в социально-политическую опору колониального режима.
Немаловажную роль играли экономические и демографические факторы. На островах было мало золота, не было вовсе серебра и пряностей, т. е. отсутствовали те колониальные ресурсы, которые наиболее ценились в Европе. Испанская колониальная политика основывалась на примитивных методах эксплуатации (соответствовавших низкому уровню развития производительных сил в самой метрополии), сводившихся к прямому ограблению естественных богатств колоний. В условиях Филиппин основным источником колониальных доходов становился труд завоеванного населения. Поэтому испанцы были заинтересованы в сохранении людских ресурсов, тем более что население архипелага было немногочисленным. В XVII в. оно составляло немногим более 0,5 млн. человек. Наибольшая концентрация наблюдалась на Панае (более 60 тыс.), Центральном Лусоне (более 100 тыс.), в Маниле (около 30 тыс.). В основном же население было рассеяно небольшими группами по территории архипелага.
При общем низком уровне развития производительных сил, дробности населения, слабых внутриэкономических связях любое нарушение демографического баланса вызывало серьезные экономические осложнения. Первые десятилетия колонизации сопровождались продовольственными кризисами, связанными с тем ущербом, который наносил хозяйству архипелага процесс завоевания, с сокращением, хотя и сравнительно небольшим, местного населения и с увеличением потребляющего слоя — испанского колониального аппарата. Впрочем, в количественном отношении испанцы составляли менее 1 % общей численности населения архипелага. Дважды — в середине 70-х и в начале 80-х годов — нехватка риса и другого продовольствия была настолько велика, что возникал вопрос о прекращении колонизации и об уходе испанцев с Филиппин. Все же колонизация не прекратилась, но среди испанцев прочно укоренилось мнение о Филиппинах как колонии, лишенной всякой экономической ценности. Испанская корона была заинтересована в сохранении азиатской колонии с точки зрения политического престижа монархии, обладания стратегической базой у границ португальской колониальной империи и поблизости от китайского рынка.
