Возможность эту предоставил сам Фридрих, помолвив своего старшего внебрачного двадцатилетнего сына Энцио (Хайнца) – его мать была немкой – с наследницей большей части Сардинии. Наделенный множеством физических и умственных достоинств молодой супруг (по мнению отца, «по росту и лику Наше отражение») высокопарно назвался королем Сардинии, хотя ленное право на этом острове еще со временно Барбароссы оспаривалось Папой и императором.
Еще больше, чем это самоуправство, чувствительного Грегора IХ возмутило вмешательство императора во внутриримскую партийную борьбу. Среди дворянских родов города у Фридриха было много сторонников, так что до 1238 года он фактически правил Римом. После триумфа при Кортенуова даже сложилось мнение, будто стремление к автономии дружественного Штауфену городского дворянства может быть согласовано с традиционными функциями Рима как идеального центра для Imperium Romanum, желанного места проведения выборов и резиденции Верховного Пастыря христианства. Для светских претензий Ватикана это означало бы первую угрозу.
Уже в августе 1238 года Грегор послал в Ломбардию заклятого врага Фридриха, прелата Грегора фон Монтелонго, чтобы укрепить враждебные императору города в их бунте. Этому искусному дипломату, который также обладал необычайными полководческими талантами, удалось вновь объединить ослабленные внутренней партийной борьбой города Лиги.
Следующей победой папской политики был союз старых соперников, Генуи (к тому времени там правил подеста родом из Милана) и Венеции (дож хотел отомстить за плененного при Кортенуова сына), объединившихся против общего сицилийского конкурента, чья торговая политика государственной монополии уже давно приносила убытки обоим морским городам. Теперь сицилийские порты должны были спешно готовиться к обороне.
Когда Фридрих в октябре 1238 года потерпел поражение в Брескии, Грегор IХ смог въехать в Рим победителем после того, как его союзникам удалось сдвинуть императорскую партию с ее властных позиций. Папская партия также завоевала первенство в коллегии кардиналов. Только тогда Папа решился на окончательный разрыв с горячо ненавидимым «врагом Святой Церкви», которого он совсем недавно заверил через главу францисканцев, что хочет быть с ним «unus et idem» («одним сердцем и одной душой»).
Дальнейшие переговоры были для него последней передышкой перед большим ударом: в Вербное воскресенье следующего года (20 марта 1239) Папа Грегор IХ во второй раз отлучил от церкви Штауфена, ничуть не удивившегося этому факту. Затем началась решающая фаза борьбы за Рим, сердце духовной и светской Imperium Romanum, которым Папа хотел управлять из Ватикана, а император с Капитолия. Только закат всего правящего рода Гогенштауфенов освободил Папу от суеверного страха, что благодаря «Антихристу» из этого дома оправдаются темные пророчества и секуляризованную католическую церковь может постигнуть ужасная кара.
