Курс на уголовно–бытовой характер преступления был взят с самого начала. Иных мотивов те, кому надлежало расследовать дело, не усматривали. Об этом заявил тогдашний министр внутренних дел Баранников через несколько дней после убийства (фактически до начала следствия). Это же повторили позднее бывший директор ФСК Степашин и нынешний министр внутренних дел Куликов. «Мы убеждены в этом» (откуда такая уверенность?), — публично заявляли высокопоставленные лица. Убийство Александра Меня «никоим образом не связано с политикой, это обычное бытовое преступление» (бывший и. о. Генерального прокурора России А. Ильюшенко, 2 декабря 1994 г.).
Такая ориентация сразу же отсекала поиски иных путей и заводила (и успешно завела) следствие в тупик. Масса времени и сил ушла на разработку версий о причастности к убийству родственников о. Александра, его близких, его соседей (прежде всего жителей Семхоза братьев Бобковых). Все эти обвинения рассыпались в прах и даже, как заявила авторитетная инстанция, «были сфальсифицированы». (Кем? Никто за это не ответил.) К ноябрю 1994 г. почти 400 человек, в основном уголовники, «выразили желание» взять преступление на себя. Само следствие за годы своей работы назначило на роль убийцы в общей сложности около 20 кандидатов.
В декабре 1994 г. Генпрокуратура объявила, что преступник найден и, более того, полностью признал свою вину. Очередным кандидатом оказался москвич Игорь Бушнев. Следствие уверяло, что убил он о. Александра по чистой случайности, приняв его за одного из хулиганов (!), которые накануне вечером (8 сентября 1990 г.) избили Игоря в электричке и вытолкнули из поезда на платформе Заветы Ильича.
При порядках, царящих у нас в местах предварительного заключения, не составляет труда выбить из подследственного любые признательные показания. При этом необязательно применять физическое воздействие — достаточно шантажа, угроз, весьма эффективного морального давления. Как это делается, рассказал позднее сам Бушнев. В тюрьме ему доходчиво объяснили, где и как он убивал. Тем не менее во время следственного эксперимента в Семхозе правильно указать место преступления он не смог. Освобожденный до суда из Лефортово, Бушнев немедленно отказался от своего «чистосердечного» признания, заодно объяснив, что его письменный отказ от услуг знаменитых адвокатов — результат прямого давления следственной группы. Кстати, на момент убийства у обвиняемого было твердое алиби.
