Его роль в руководстве армии и Белом движении еще не до конца понята, но весьма вероятно, что «генерал в калошах» только прикидывался простачком, будучи тоже «выходцем из народа» (сын солдата-сверхсрочника, выслужившегося в майоры, как и Иван Деникин). В тех обстоятельствах многие метили в «русские наполеоны» — Александр Керенский (даже копировал повадки и жесты корсиканца), Алексей Брусилов, Карл Маннергейм, Юзеф Пилсудский, Симон Петлюра, Михаил Тухачевский, Михаил Муравьев и пр.
Похоже, не миновала сия чаша и профессора Академии. Слишком уж двусмысленна его роль в отречении царя, когда начальник штаба Главковерха попросту саботировал все решения самодержца на отправку карателей в столицу, а затем фактически спровоцировал всех командующих фронтами и флотами на открытую акцию неподчинения Николаю II, что и привело к капитуляции на станции Дно. Кстати, сам император был очень привязан к Алексееву и считал его близким себе человеком, всячески поддерживая по службе и называя «мой косоглазый друг». Возможно, просто потому, что генерал не смел ни в чем ему перечить. Кроме разве что принципиального вопроса допуска в Ставку «старца» Распутина, заявив, что тут же уйдет со своего поста, если «он» появится в Могилеве.
В остальном же до поры до времени генерал явно вел двойную игру. К примеру, «резкое обострение болезни почек» у генерала началось как раз тогда, когда в столице вспыхнул скандал по поводу писем к нему Гучкова, в которых тот резко критиковал Царское Село и давал «рекомендации» Алексееву (а заодно генералам Рузскому и Крымову) по возможности захвата царя в Ставке и принуждению его к отречению.
Пока не погас скандал, он «лечил почки» (почему-то в Крыму, где пребывал в отставке его благодетель и противник самодержца великий князь Николай Николаевич, а не в Кисловодске, где обычно лечили ЖКТ), а когда шум стих и дело пошло к перевороту, вновь объявился в Ставке.
Потом он рассказывал наивному Деникину, что- во время лечения в Крыму к нему якобы приходили визитеры с предложениями поучаствовать в будущем перевороте, а тот якобы дал им отлуп. Со слов Деникина: «Они совершенно откровенно заявили, что назревает переворот… Просили совета. Алексеев в самой категоричной форме указал на недопустимость каких бы то ни было государственных потрясений во время войны, на смертельную угрозу фронту, который, по его пессимистическому определению, и так не слишком твердо держится, и просил во имя сохранения армии не делать этого шага. Представители уехали, обещав принять меры к предотвращению переворота».
