Итог расследования подвел член межведомственной комиссии доктор наук из ЦАГИ С.Я. Наумов. На основе собственных расчетов аэродинамических, весовых, инерционных характеристик модели и характеристик эффективности рулей он однозначно утверждал, что после отрыва модели от воды она попала в неустойчивый встречный поток воздуха и, несмотря на усилия пилота, не смогла войти в крейсерский режим полета. Эта версия подтверждалась результатами испытаний трековой модели на базе, показавших, что принятая аэродинамическая схема СМ-5 допускает подобные явления.
Трагический случай с СМ-5 привел к определенным организационным последствиям. Решением Волго-Вятского Совета народного хозяйства (ВВСНХ), которому подчинялось тогда ЦКБ по СПК, были прекращены не только испытания пилотируемых СМ, но и вообще работы по экранопланам, а самолеты, имевшиеся у ЦКБ, следовало передать авиазаводу. Так, в приказе ВВСНХ от 18 сентября 1964 г. был сделан категорический вывод: «Катастрофа произошла вследствие плохой организации испытательной службы, пренебрежительного отношения к этой службе ряда руководителей ЦКБ, плохой подготовки летного состава к проведению испытаний и нежелания создавать испытательную службу, что может привести к длительной задержке испытаний корабля КМ и невыполнению решения правительства…» Этим приказом начальнику-главному конструктору ЦКБ по СПК предписывалось провести необходимые работы по срочному созданию летно-испытательной службы.
Понятие того, что динамика движения новых аппаратов и принцип управления ими носят совершенно иной, отличный от судовождения, характер, приходило вместе с накоплением опыта испытаний пилотируемых самоходных моделей. Р.Е. Алексеев пришел к очевидному выводу: управлять такими «судами» должны специально подготовленные пилоты.
Выполняя указание ВВСНХ, Ростислав Евгеньевич обратился в облвоенкомат Горького с просьбой подобрать из увольняемых в запас опытного летчика из руководящего состава для организации летной работы в ЦКБ. Таким кандидатом оказался полковник ВВС в отставке В.Ф. Логинов. После решения всех организационных вопросов приказом №1 от 13 января 1965 г. в ЦКБ по СПК был создан Летно-испытательный отдел (ЛИО). На дебаркадере испытательной станции №2 были выделены помещения для летного и технического состава новой службы, метеостанции, учебного класса и отдельное помещение для медпункта, жилой дом, где разместился весь летно-технический состав ЛИО. На дебаркадере соорудили надстройку для командно-дистанционного пункта (КДП).
