В середине 1990-х гг. в авиацию ВДВ входили 7 отдельных эскадрилий, оснащенных Ан-2 и Ми-8. Они дислоцировались на аэродромах: Рязань, Тула (Мясново), Ульяновск (Белый Ключ), Крымск, Псков, Иваново (Ясуниха), Омск (Северный). В ходе реформ всех их подчинили Командованию ВТА.
В авиации Космических войск также произошли значительные сокращения. От «союзных» трех полков и 9 отдельных эскадрилий остались всего 4 эскадрильи. С 2010 г. их передали в подчинение ВВС. Аналогичная судьба постигла авиацию Ракетных войск стратегического назначения. После серии сокращений в ней осталось 18 отдельных эскадрилий, в т.ч. 10 вертолетных, которые в апреле 2011 г. переподчинили ВВС.
Кроме Минобороны, в России авиацией располагают и другие силовые ведомства: ФСБ, МВД, МЧС, Федеральная таможенная служба.
Через два года после распада СССР российские Погранвойска преобразовали в Федеральную погранслужбу (ФПС). В ее авиации также происходили структурные изменения, включая ликвидацию одних подразделений и создание других. Например, в Геленджике, Каспийске, Моздоке сформировали новые ОАЭ, а в Йошкар-Оле на базе эскадрильи развернули 1 -й отдельный тяжелый транспортный полк (ОТТАП).
С 2004 г. авиацию ФПС передали в подчинение ФСБ, которая уже имела собственную эскадрилью, созданную в 1999 г. во Внуково (Ту-154, Ми-8, Ан-72). С 2005 г. в авиацию ФПС начались поставки вертолетов Ка-226 (пока известно о четырех машинах), а с 2007 г. – легких самолетов СМ-92Т. Для ФПС разработана и специальная модификация Ка-32 – Ка-32А7.
По состоянию на начало 2012 г. в распоряжении ФСБ находилось около 130 ЛА, входивших в состав 11 объединенных авиаотрядов, одного ОТТАП и двух авиагрупп (Калининград и Кызыл).
Солидным авиапарком располагает и МВД России. По состоянию на начало 2012 г. в состав авиации Внутренних войск входили 4 отдельных смешанных полка особого назначения (ОСАП ОН) и 10 отдельных эскадрилий, в которых насчитывалось около 150 ЛА.
Кроме того, МВД располагает двадцатью отдельными авиаотрядами спецназначения (ОАОСН), которые замыкаются по территориальному признаку на МВД субъектов федерации и областные ГУВД.Первый из них создан в ноябре 1996г. Предусматривается формирование еще 5 подобных отрядов, втом числе вХабаровске, Магадане, Архангельске. В их составе, кроме 50-60 самолетов и вертолетов, также используются дирижабли, аэростаты и БПЛА. Специально для МВД разработана патрульная версия Ка-32 – Ка-32А2. В 2011 г. был создан Центр специального назначения сил оперативного реагирования и авиации МВД России.
