В 1994 г. были расформированы две ВА, входившие в состав Дальней авиации, а ее армейская структура была заменена дивизионной. В том же году подписали договор о разделе Черноморского флота, при этом к РФ отошли 163 из 337 его летательных аппаратов. В первые четыре года реформ количество частей ФБА было сокращено на 40%; ДА – на 25%, ВТА – на 10%. Больше всего пострадали истребительная авиация, где сократили 60% частей, а также ИБА, которая исчезла вовсе. Количество личного состава ВВС уменьшили почти вдвое, а боевых самолетов – на 25%. Произошли существенные сокращения летных вузов, на аэродромы которых выводились части и подразделения из-за границ РФ.
В 1997 г. численность ВВС составляла уже 210000 человек, а к январю 1998 г. осталось 186000 человек, включая около 10000 летчиков при 5000 самолетах. Падал и налет: с 962000 ч в 1992 г. до 254000 в 1998 г. При этом средний годовой налет снизился до 21 ч на одного летчика.
В 1998 г. при объединении ВВС и ПВО решили расформировать все командования (ДА, ВТА, ФА, резерва и подготовки кадров). Объединение сопровождалось значительными сокращениями, причем «основной удар» пришелся на войска ПВО: только за 1998 г. сократили 48 авиаполков. В этом же году в ВВС и ПВО было ликвидировано 126000 должностей (с 318000 до 192000). Полки фронтовой авиации были переведены на двухэскадрильный штат, при этом число ЛА уменьшилось почти на 50%. Были массово выведены в резерв истребители четвертого поколения: МиГ-29, Су-27 и МиГ-31.
После завершения объединения ВВС и ПВО в 1999 г. были сформированы две воздушные армии верховного главнокомандования: 37-я (Дальняя авиация) и 61-я (Военно-транспортная авиация). Кроме того, были созданы пять армий ВВС и ПВО *, Московский округ ВВС и ПВО, ряд отдельных корпусов. С ноября 2002 г. армейская авиация (АА), также подвергшаяся значительным сокращениям, была переподчинена Главному командованию ВВС.
Согласно зарубежным источникам, на начало 2005 г. в состав ВВС входили 79 авиационных полков и 15 вертолетных полков армейской авиации. Кроме того, еще 22 полка входили в состав авиации ВМФ. Всего в них насчитывалось 5500 ЛА. По состоянию на 2007 г. в составе ВВС количество полков уменьшилось по сравнению с 1991 г. на 55%, боевых самолетов – на 51%, военнослужащих – на 62%, в том числе летчиков – на 59%. В то же время увеличение военных расходов в России способствовало росту налета экипажей, начались закупки новой авиатехники и модернизация состоявшей на вооружении. В 2007 г. возобновились полеты Ту-160 и Ту-95МС над Северным Ледовитым, Тихим и Атлантическим океанами.
