После пытки лишились голов и другие друзья и сторонники царевны. Женщина больших страстей, умевшая тонко чувствовать и сопереживать, Софья ощущала их боль как собственную.
Василий Голицын стараниями двоюродного брата Бориса сохранил жизнь. Но «за все его вины великие» государи Петр Алексеевич и Иван Алексеевич указали «лишить его чести и боярства и послать с женой и детьми на вечную ссылку в Каргополь. А поместья его, вотчины и дворы московские и животы отписать на себя, великих государей».
Сильвестр Медведев бежал, но был опознан и после правежа казнен.
Софья в конце сентября была заключена вместе со своей единомышленницей, царевной Марфой, в Новодевичий монастырь. Царь Иван не сумел защитить сестер. Но он был практически отодвинут от власти; ему оставили только приличествующее содержание и некоторые декоративные функции.
Оказавшись в монастыре, Софья прежде всего беспокоилась о «братце Васеньке». Она ухитрилась переслать ему в ссылку письмо и большую сумму денег — едва ли не большую часть того, чем сама располагала. А он не только не искал встреч с Софьей, но уверял, что не знал ни о каких планах переворота, а против ее венчания на царство и вовсе возражал, «что то дело необычайное».
После казней и заточения сестер Петр вновь вернулся к своим потешным забавам. В деле управления страной он очень полагался на свою мать, слабую и невежественную Наталью Кирилловну. По свидетельству Куракина, «правление оной царицы было весьма непорядочное, и недовольное народу, и обидимое, и в то время началось неправое правление от судей, и мздоимство великое, и кража государственная».
Петр не имел к этому никакого отношения: до самой смерти матери он не был допущен к государственным делам.
Добившись своей цели, Наталья Кирилловна передала в храм Святого Николая на Маросейке древнегреческую икону X века в драгоценном окладе. Теперь царицу видели только величественной милостивицей, всемогущей вершительницей судеб, шествующей или принимающей государственные решения в окружении почтительных советников. Она действовала с помощью трех бояр, патриарха Иоакинфа и на все согласной Боярской думы.
В регентство царицы Натальи брату ее Льву, начальнику Посольского приказа, совсем пустому человеку, подчинены были почти все министры, кроме Тихона Стрешнева, министра военного и внутренних дел. Князь Борис Голицын, глава Казанского приказа, по выражению князя Куракина, правил всем Поволжьем «так абсолютно, как бы был государем», и весь этот край разорил. Но он рассматривал свое удаление от двора, хоть и на хлебную должность, как ссылку — Нарышкины не простили ему заступничества за Василия Голицына. Несколько сдерживал этот разгул дядька царя Ивана, Петр Прозоровский, который ведал государственной казной и являл собой редкий в то время тип честного человека.
